---
title: "NOK"
author: "AGDamsbo"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## PASE by next of kin

Hermed analyse og oversigt over TALOS patienter med PASE der ikke er udfyldt af dem selv.

## Oversigt efter PASE gruppe

Variablen "own_write" angiver om det af PASE-skemaet fremgår hvorvidt pt selv har udfyldt skemaet. Er TRUE/FALSE og kun TRUE vises.
Variablen "own_answer" er min bedste vurdering udfra den registrerede kommentar, om hvorvidt det er pts eget svar (alternativt vurdering ved pårørende). Er TRUE/FALSE og kun TRUE vises.
Variablen "afasi" angiver grad af afasi ved den akutte NIHSS.

```{r echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
source("api_dataset.R")
source("data_format.R")

df <- dta|> left_join(df_own,by=c("rnumb"="record_id"))

tbl_vars<-unique(c("own_write","own_answer","afasi","active_treat",vars,"inc_time","mdi_1_enr","mdi_6_newobs_enr","mdi_1","mdi_6_newobs"))
```

```{r}
df |> 
  tbl_summary(by = "pase_0_q",
              missing = "ifany",
              include = all_of(tbl_vars),
              missing_text="(Missing)"#,
              # label = lab_sel(labels_all,tbl1_vars)
  )|>
  add_n()|>
  add_overall() |> 
    gtsummary::italicize_levels() |> 
  as_gt() |>
  # modify with gt functions
  gt::tab_header("Baseline Characteristics") |>
  gt::tab_options(
    table.font.size = "small",
    data_row.padding = gt::px(1))
```

## Oversigt efter "own_answer" til sammenligning

```{r}
df |> #mutate(own_answer = own_answer+1) |> 
  tbl_summary(by = "own_answer",
              missing = "ifany",
              include = all_of(tbl_vars),
              missing_text="(Missing)"#,
              # label = lab_sel(labels_all,tbl1_vars)
  )|>
  add_n()|>
  add_overall() |> 
  add_p() |> 
  gtsummary::bold_p() |> 
  gtsummary::italicize_levels() |> 
  as_gt() |>
  # modify with gt functions
  gt::tab_header("PASE by next of kin") |>
  gt::tab_options(
    table.font.size = "small",
    data_row.padding = gt::px(1))
```

## Sensititvitetsanalyse

Begrænset til kun at inkludere ptt med eget svar

```{r}
source("data_format.R")

dta <- inner_join(dta,df_own |> filter(own_answer) |> select(record_id),by=c("rnumb"="record_id"))

outs<-c("mdi_1_enr","mdi_6_newobs_enr")

lbl_x <- NULL # Extra label in file name

inter_reg <- NULL # Interaction variables to include (only multivariate)

biv_mul <- TRUE # Sets flag for both bivariate and multivariate or only multivariate analysis 

print_tbl <- FALSE # Print tables? T/F

robust_ci = TRUE

# source("biv_mul.R")

source("biv_mul_man.R")

export<-data.frame()
  for (i in 1:length(bm_list)){
    export<-rbind(export,paste(names(bm_list)[i]),bm_list[[i]])
  }

export |> gt::gt()|>
  gt::tab_options(
    table.font.size = "small",
    data_row.padding = gt::px(1))
```

