addition of REDCap data conversion work

.gitignore

@@ -42,3 +42,5 @@ vignettes/*.pdf
 /data/
 /data/*.xls
 /data/*.csv
+
+/REDCap/*.csv

REDCap/attr/attr_BI.csv

@@ -0,0 +1,24 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_BI00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_BI01","Spisning"
+"TALOS_BI02","Forflytning"
+"TALOS_BI03","Personlig hygiejne"
+"TALOS_BI04","Toiletbesøg"
+"TALOS_BI05","Tage bad"
+"TALOS_BI06","Gangfunktion"
+"TALOS_BI07","Trappegang"
+"TALOS_BI08","Påklædning"
+"TALOS_BI09","Tarmkontrol"
+"TALOS_BI10","Blærekontrol"
+"TALOS_BI11","No attr"
+"TALOS_BI12","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_BI12x","Hvis nej, hvem har udfyldt"
+"TALOS_BI13x","Evt. kommentar"

REDCap/attr/attr_LOCF.csv

@@ -0,0 +1,13 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_CREATEDDATE","No attr"
+"SYS_ID","No attr"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"TALOS_LOCF00","Dato"
+"TALOS_LOCF01","Last-observation carried forward"
+"TALOS_LOCF01a","Evt. beskrivelse"

REDCap/attr/attr_MFI.csv

@@ -0,0 +1,33 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_MFI00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_MFI01","Jeg føler mig veloplagt"
+"TALOS_MFI02","Fysisk kan jeg ikke gøre ret meget"
+"TALOS_MFI03","Jeg føler mig meget aktiv"
+"TALOS_MFI04","Jeg har lyst til at gøre alle mulige rare ting"
+"TALOS_MFI05","Jeg føler mig træt"
+"TALOS_MFI06","Jeg synes, jeg laver meget på en dag"
+"TALOS_MFI07","Når jeg laver noget, kan jeg fastholde tankerne på det"
+"TALOS_MFI08","Fysisk kan jeg overkomme meget"
+"TALOS_MFI09","Jeg gruer for at skulle lave noget"
+"TALOS_MFI10","Jeg synes, jeg laver meget lidt på en dag"
+"TALOS_MFI11","Jeg kan sagtens koncentrere mig"
+"TALOS_MFI12","Jeg er udhvilet"
+"TALOS_MFI13","Jeg skal anstrenge mig meget for at koncentrere mig om noget"
+"TALOS_MFI14","Fysisk føler jeg mig i dårlig form"
+"TALOS_MFI15","Jeg har mange planer"
+"TALOS_MFI16","Jeg bliver nemt træt"
+"TALOS_MFI17","Jeg får næsten ikke lavet noget"
+"TALOS_MFI18","Jeg har ikke lyst til at lave noget"
+"TALOS_MFI19","Jeg bliver let adspredt"
+"TALOS_MFI20","Fysisk føler jeg mig i vældig god form"
+"TALOS_MFI21","Resultat"
+"TALOS_MFI22","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_MFI22x","Hvis nej, hvem har udfyldt"

REDCap/attr/attr_NA.csv

@@ -0,0 +1,18 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"hojde","No attr"
+"vaegt","No attr"
+"vaegt_anslaaet","No attr"
+"rygning","No attr"
+"alkohol","No attr"
+"civil","No attr"
+"bolig","No attr"
+"diabetes","No attr"
+"hyperten","No attr"
+"perifer_arteriel","No attr"
+"atriefli","No attr"
+"ami","No attr"
+"tidl_tci","No attr"
+"trombolyse","No attr"
+"trombektomi","No attr"
+"nhiss_foer","No attr"

REDCap/attr/attr_NIHSS.csv

@@ -0,0 +1,26 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_NIHSS00","Dato"
+"TALOS_NIHSS01","1a. Bevidsthedsniveau"
+"TALOS_NIHSS02","1b. Spørg pt. om aktuel måned og alder"
+"TALOS_NIHSS03","1c. Bed pt. åbne og lukke øjne og knyt og åbn hånden"
+"TALOS_NIHSS04","2. Horisontal øjenbevægelse"
+"TALOS_NIHSS05","3. Synsfelt"
+"TALOS_NIHSS06","4. Facialisfunktion"
+"TALOS_NIHSS07","5a. Motorisk funktion i højre arm"
+"TALOS_NIHSS08","5b. Motorisk funktion i venstre arm"
+"TALOS_NIHSS09","6a. Motorisk funktion i højre ben"
+"TALOS_NIHSS10","6b. Motorisk funktion i venstre ben"
+"TALOS_NIHSS11","7. Ekstremitets ataksi"
+"TALOS_NIHSS12","8. Sensorisk"
+"TALOS_NIHSS13","9. Bedste sprogfunktion"
+"TALOS_NIHSS14","10. Dysartri"
+"TALOS_NIHSS15","11. Extinction and Inattention (formerly Neglect)"
+"TALOS_NIHSS16","NIHSS Score"

REDCap/attr/attr_PASE.csv

@@ -0,0 +1,38 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_PASE00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_PASE01","1. Hvor ofte har du i de sidste 7 dage inden indlæggelsen foretaget dig stillesi"
+"TALOS_PASE01ax","1a. Hvilke aktiviteter"
+"TALOS_PASE01b","1b. Hvor mange timer har du gennemsnitlig været beskæftiget med disse aktivitete"
+"TALOS_PASE02","2. Hvor ofte har du i de sidste 7 dage inden indlæggelsen, gået en tur udenfor h"
+"TALOS_PASE02a","2a. Hvor mange timer har du gennemsnitlig været beskæftiget med disse aktivitete"
+"TALOS_PASE03","3. Hvor ofte har du i de sidste 7 dage inden indlæggelsen, deltaget i lette spor"
+"TALOS_PASE03ax","3a. Hvilke aktiviteter"
+"TALOS_PASE03b","3b. Hvor mange timer har du gennemsnitlig været beskæftiget med disse aktivitete"
+"TALOS_PASE04","4. Hvor ofte har du i de sidste 7 dage inden indlæggelsen, deltaget i moderate s"
+"TALOS_PASE04ax","4a. Hvilke aktiviteter"
+"TALOS_PASE04b","4b. Hvor mange timer har du gennemsnitlig været beskæftiget med disse aktivitete"
+"TALOS_PASE05","5. Hvor ofte har du i de sidste 7 dage inden indlæggelsen, deltaget i anstrengen"
+"TALOS_PASE05ax","5a. Hvilke aktiviteter"
+"TALOS_PASE05b","5b. Hvor mange timer har du gennemsnitlig været beskæftiget med disse aktivitete"
+"TALOS_PASE06","6. Hvor ofte har du i de sidste 7 dage inden indlæggelsen lavet styrketræning sp"
+"TALOS_PASE06ax","6a. Hvilke aktiviteter"
+"TALOS_PASE06b","6b. Hvor mange timer har du gennemsnitlig været beskæftiget med disse aktivitete"
+"TALOS_PASE07","7. Har du inden for de sidste 7 dage inden indlæggelsen udført lette former for"
+"TALOS_PASE08","8. Har du inden for de sidste 7 dage inden indlæggelsen udført anstrengende form"
+"TALOS_PASE09a","9a. Vedligeholdelse af hjemmet, såsom at male, tapetsere, udføre el-installation"
+"TALOS_PASE09b","9b. Slå græs, feje fortov, skovle sne el. blade, save brænde eller lignende<br><"
+"TALOS_PASE09c","9c. Udendørs havearbejde"
+"TALOS_PASE09d","9d. Pleje af personer, såsom børn, afhængige familiemedlemmer eller andre voksne"
+"TALOS_PASE10","10. Har du i de sidste 7 dage inden indlæggelsen været på arbejde eller udført f"
+"TALOS_PASE10a","10a. Hvor mange timer om ugen har du arbejdet betalt eller som frivillig"
+"TALOS_PASE10b","10b. Hvilken af følgende kategorier beskriver bedst det niveau af fysisk aktivit"
+"TALOS_PASE12","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_PASE12x","Hvis nej, hvem har udfyldt"

REDCap/attr/attr_SDMT.csv

@@ -0,0 +1,13 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"instance","No attr"
+"TALOS_SDMT00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_SDMT01","SDMT udfyldt"
+"TALOS_SDMT01a","Antal korrekte"
+"TALOS_SDMT01b","Antal passerede"

REDCap/attr/attr_ae.csv

@@ -0,0 +1,32 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"instance","No attr"
+"instance2","No attr"
+"eventdate","Dato (evt. anslået) for hændelsens-/bivirkningens opståen"
+"description","Beskrivelse"
+"continuation","Kontinuation"
+"seriousA","Død"
+"deathdate","Dødsdato"
+"seriousB","Livstruende tilstand"
+"seriousC","Hospitalisering eller forlængelse af hospitalisering"
+"seriousD","Invaliditet eller væsentlig funktionsnedsættelse"
+"seriousE","Medfødt misdannelse eller fosterskade"
+"seriousF","Anden vigtig medicinsk hændelse"
+"related","Hændelsens/bivirkningens relation til forsøgsmedicin"
+"expected","Var hændelsen/bivirkningen forventet"
+"awaredate","Hvornår kom bivirkningen til investigators kendskab"
+"awaretime","Hvornår kom bivirkningen til investigators kendskab"
+"actionA","Er der foretaget handling hvad angår forsøgsmedicin"
+"actionB","Er der ændret i doseringen af anden medicin"
+"actionC","Er der opstartet ny medicin"
+"status","Hvad er aktuel status"
+"closed","Skal forløbet afsluttes nu"
+"CLF","No attr"
+"CLFint","Hvad er hændelsen"
+"sponsor","Har sponsor kontrolleret hændelsen"

REDCap/attr/attr_basis.csv

@@ -0,0 +1,22 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"TALOS_basis00","Dato"
+"TALOS_basis01","Symptomdebut"
+"TALOS_basis01a","Dato"
+"TALOS_basis01b","Klokkeslæt"
+"TALOS_basis02","Indlæggelsestidspunkt"
+"TALOS_basis02a","Dato"
+"TALOS_basis02b","Klokkeslæt"
+"TALOS_basis03","Første medicindosis"
+"TALOS_basis03a","Dato"
+"TALOS_basis03b","Klokkeslæt"
+"TALOS_basis05","Etnicitet"
+"TALOS_basis05x","Specificer"
+"TALOS_basis06","Iskæmisk type"
+"kon","Køn"

REDCap/attr/attr_begr.csv

@@ -0,0 +1,19 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_begr00","Dato"
+"TALOS_begr01","Ny event"
+"TALOS_begr02","Bivirkninger"
+"TALOS_begr03","Dosisjustering"
+"TALOS_begr04","Socialmedicinske grunde"
+"TALOS_begr04x","Beskriv"
+"TALOS_begr05","Tryghedsgrunde"
+"TALOS_begr05x","Beskriv"
+"TALOS_begr06","Andet"
+"TALOS_begr06x","Beskriv"

REDCap/attr/attr_blod.csv

@@ -0,0 +1,28 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_blod00","Dato"
+"TALOS_blod01","ALAT taget"
+"TALOS_blod01a","ALAT i øvre normalområde eller over"
+"TALOS_blod01aa","Noter"
+"TALOS_blod02","S-natrium taget"
+"TALOS_blod02a","S-natrium i nedre del eller under normalområde"
+"TALOS_blod02aa","Noter"
+"TALOS_blod03","eGFR taget"
+"TALOS_blod03a","eGFR i nedre normalområde eller under (<60 ml/min)"
+"TALOS_blod03aa","Noter"
+"TALOS_blod04","Andre blodprøver taget"
+"TALOS_blod04x","Beskriv"
+"TALOS_blod05x","Andet, beskriv"
+"TALOS_blod06","EKG taget"
+"TALOS_blod06a","EKG normalt"
+"TALOS_blod06b","EKG med grænseforlænget QTc"
+"TALOS_blod06ba","Noter"
+"TALOS_blod06c","EKG med QTc forlænget = 480 ms"
+"TALOS_blod07x","Andet, beskriv"

REDCap/attr/attr_drop.csv

@@ -0,0 +1,15 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"TALOS_drop00","Dato"
+"TALOS_drop01","Ønsker ikke længere at deltage"
+"TALOS_drop02","Uacceptable bivirkninger"
+"TALOS_drop03","Behov for åben antidepressiv behandling"
+"TALOS_drop04","Uacceptable bivirkninger"
+"TALOS_drop05","Udføres afsluttende kontrol"
+"TALOS_drop06","Har pt været inkluderet i eller mere end 31 dage"

REDCap/attr/attr_end.csv

@@ -0,0 +1,11 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"TALOS_end00","Dato"
+"TALOS_end01","Afsluttet før tid"
+"TALSO_end02x","Kommentarer"

REDCap/attr/attr_fmed.csv

@@ -0,0 +1,20 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_FmedA01","Udleveringsdato"
+"TALOS_FmedA02a","Batch-nummer"
+"TALOS_FmedA02b","Udløbsdato"
+"TALOS_FmedA03","Antal udleverede tabletter"
+"TALOS_FmedA04","Udleveret af..."
+"TALOS_FmedB01","Restmedicin"
+"TALOS_FmedB02","Antal tabletter tilbage"
+"TALOS_FmedB03","Kompliant"
+"TALOS_FmedB04","Modtaget af..."
+"TALOS_FmedB05","Er de resterende tabletter afleveret"
+"TALOS_FmedB06","Er de eventuelle resterende tabletter destrueret"

REDCap/attr/attr_fri.csv

@@ -0,0 +1,9 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"TALOS_fri01x","Fritekst"

REDCap/attr/attr_gloD.csv

@@ -0,0 +1,11 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_gloD00","Dato"
+"TALOS_gloD01","Angiv depressionsgradering"

REDCap/attr/attr_grad.csv

@@ -0,0 +1,15 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_grad00","Dato"
+"TALOS_grad01","Har patienten nemmere til tårer end tidligere"
+"TALOS_grad02","Forekommer der overrumplende anfald af gråd"
+"TALOS_grad03","Forekommer der gråd uden grund eller for voldsomt i forhold til en følelse"
+"TALOS_grad04","Forekommer der gråd ukontrolleret i social sammenhæng"
+"TALOS_grad05","Resultat"

REDCap/attr/attr_gvd.csv

@@ -0,0 +1,13 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_gvd00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_gloD01","Hvor deprimeret er du i dag"
+"TALOS_gvd02","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_gvd02x","Hvis nej, hvem har udfyldt"

REDCap/attr/attr_ham.csv

@@ -0,0 +1,20 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_ham00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_ham01","1. Gennem de sidste 3 dage..."
+"TALOS_ham02","2. Gennem de sidste 3 dage..."
+"TALOS_ham03","3. Gennem de sidste 3 dage..."
+"TALOS_ham04","4. Gennem de sidste 3 dage..."
+"TALOS_ham05","5. Gennem de sidste 3 dage..."
+"TALOS_ham06","6. Gennem de sidste 3 dage..."
+"TALOS_ham07","Resultat"
+"TALOS_ham08","Resultat"
+"TALOS_ham09","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_ham09x","Hvis nej, hvem har udfyldt"

REDCap/attr/attr_inkl.csv

@@ -0,0 +1,16 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat.x","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"rdate","No attr"
+"TALOS_inkl01","Kan pt. indgå under hensyntagen til inklusionskriterierne"
+"TALOS_inkl02","Kan pt. indgå under hensyntagen til eksklusionskriterierne"
+"TALOS_inkl03x","Navn"
+"rnumb","Randomiseringsnummer"
+"rtreat.y","Tildelt behandling"
+"TALOS_inkl04","Inkluderes patienten?"
+"TALOS_inkl04x","Hvorfor ikke?"

REDCap/attr/attr_kodebrud.csv

@@ -0,0 +1,11 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"Rnumb","No attr"
+"Rtreat","No attr"
+"Reason","No attr"

REDCap/attr/attr_komp.csv

@@ -0,0 +1,18 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_komp00","Dato"
+"TALOS_komp01","Blødningskomplikationer"
+"TALOS_komp02","Vaskulær død"
+"TALOS_komp03","TCI/Re-stroke"
+"TALOS_komp04","STEMI"
+"TALOS_komp05","Død uanset årsag"
+"TALOS_komp06","AKS"
+"TALOS_komp07","PSD"
+"TALOS_komp08x","Eventuelle bemærkninger"

REDCap/attr/attr_konk.csv

@@ -0,0 +1,14 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_konk00","Dato"
+"TALOS_konk01","Har patienten iht. protokollen fuldført studiet"
+"TALOS_konk02","Vurderes patienten at have behov for antidepressiv medicinsk behandling"
+"TALOS_konk02xa","Angiv præparat"
+"TALOS_konk02xb","Dosis der overgåes til"

REDCap/attr/attr_mdi.csv

@@ -0,0 +1,26 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_mdi00","Dato"
+"TALOS_mdi01","Har du følt dig trist til mode, ked af det"
+"TALOS_mdi02","Har du mangler interesse for dine daglige gøremål"
+"TALOS_mdi03","Har du følt, at du manglede energi og kræfter"
+"TALOS_mdi04","Har du haft mindre selvtillid"
+"TALOS_mdi05","Har du haft dårlig samvittighed eller skyldsfølelse"
+"TALOS_mdi06","Har du følt, at livet ikke var værd at leve"
+"TALOS_mdi07","Har du haft besvær med at koncentrere dig, f.eks. at læse avis eller følge med i"
+"TALOS_mdi08a","Har du følt dig rastløs"
+"TALOS_mdi08b","Har du følt dig mere stille"
+"TALOS_mdi09","Har du haft besvær med at sove om natten"
+"TALOS_mdi10a","Har du haft nedsat appetit"
+"TALOS_mdi10b","Har du haft øget appetit"
+"TALOS_mdi11","Resultat"
+"TALOS_mdi12","Resultat"
+"TALOS_mdi13","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_mdi13x","Hvis nej, hvem har udfyldt"

REDCap/attr/attr_medicin.csv

@@ -0,0 +1,17 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"medicin00","Registreringsdato"
+"medicin01a","Citalopram/Placebo"
+"medicin01b","ATC kode"
+"medicin02a","Doegndosis"
+"medicin02b","Enhed"
+"medicin02c","Dosering"
+"medicin03a","Er patienten opstartet indenfor 3 måneder"
+"medicin03b","(ca) opstarts dato"

REDCap/attr/attr_mmse.csv

@@ -0,0 +1,25 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_mmse00","Dato"
+"TALOS_mmse01","Hvilket/n årstal, årstid, dato, ugedag, måned"
+"TALOS_mmse02","2. Hvor er vi, Land, by region, hospital etage"
+"TALOS_mmse03","3. Registrering, nævn tre genstande, 1 point for hver korrekt svar"
+"TALOS_mmse03a","Antal forsøg"
+"TALOS_mmse04","4. Opmærksomhed og regning"
+"TALOS_mmse05","5. Genkaldelse, spørg inden om de 3 tidligere nævnte genstande"
+"TALOS_mmse06","6. Sprog, benævn de to genstande"
+"TALOS_mmse07","Gentag"
+"TALOS_mmse08","8. 3-leddet kommando tag papiret med højre hånd, læg det sammen på midten og ned"
+"TALOS_mmse09","9. Læs dette, og gør, hvad der står Se bilag luk øjnene"
+"TALOS_mmse10","10. Skriv en sætning 1 point hvis meningsfuld og har både udsagnsord og navneord"
+"TALOS_mmse11","Kopiering - Bed patienten kopiere figuren på bilaget"
+"TALOS_mmse12","Samlet score"
+"TALOS_mmse13","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_mmse13x","Hvis nej, hvem har udfyldt"

REDCap/attr/attr_mrs.csv

@@ -0,0 +1,11 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_mrs00","Dato"
+"TALOS_mrs01","Angiv mRS"

REDCap/attr/attr_preD.csv

@@ -0,0 +1,20 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_preD00","Dato"
+"TALOS_preD01","Sænket stemningsleje"
+"TALOS_preD02","Nedsat lyst og interesse"
+"TALOS_preD03","Øget trætbarhed og nedsat energi"
+"TALOS_preD04","Nedsat selvtillid og selvfølelse"
+"TALOS_preD05","Skyldfølelse og urimelige selvbebrejdelser"
+"TALOS_preD06","Tanker om, at det var bedre, at man var død/tanker som selvmord"
+"TALOS_preD07","Koncentrationsbesvær/kan ikke tænke klart"
+"TALOS_preD08","Urolig og hvileløs eller gået i stå i bevægelser"
+"TALOS_preD09","Sover mere eller mindre end vanligt"
+"TALOS_preD10","Mindre appetit og vægttab eller trøstespiser og vægtøgning"
+"TALOS_preD11","Resultat"

REDCap/attr/attr_soc.csv

@@ -0,0 +1,14 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_soc00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_soc01","Skilsmisse"
+"TALOS_soc02","Arbejdsløshed"
+"TALOS_soc03","Flytning"
+"TALOS_soc04","Dødsfald eller alvorlig sygdom i nærmeste familie"

REDCap/attr/attr_who.csv

@@ -0,0 +1,19 @@
+"names","attr"
+"record_id","Randomiseringsnummer"
+"cpr","No attr"
+"rtreat","Tildelt behandling"
+"SYS_DATE","No attr"
+"SYS_SITE","No attr"
+"SYS_USER","No attr"
+"SYS_LOCK","No attr"
+"INSTANCE","No attr"
+"TALOS_who00","Dato for udfyldelse"
+"TALOS_who01","Har været glad og i godt humør"
+"TALOS_who02","Har følt mig rolig og afslappet"
+"TALOS_who03","Har følt mig aktiv og energisk"
+"TALOS_who04","Har vågnet frisk og udhvilet"
+"TALOS_who05","Har min dagligdag været fyldt med ting, der interesserer mig"
+"TALOS_who06","Raw-score"
+"TALOS_who07","%"
+"TALOS_who08","Skemaet udfyldt af forsøgsdeltageren selv"
+"TALOS_who08x","Hvis nej, hvem har udfyldt"

REDCap/convert_redcap.R

@@ -0,0 +1,258 @@
+## Bulk conversion of stata files to CSV
+library(haven)
+library(dplyr)
+
+
+## Export output files??
+exp_out=TRUE
+id_data=c("record_id","cpr","rtreat") # Data from keyfile is all marked as identifier
+auto_upload=FALSE
+
+## Loading filenames
+setwd("/Volumes/Data/")
+files<-list.files("STATA13/.", pattern="*.dta", full.names=FALSE)
+
+## Loading randomisation key file, keeping only necessary variables, 
+## renaming rnumb to record_id
+key<-as_factor(read_dta("/Volumes/Data/STATA13/inkl_rev_v13.dta")) %>% 
+  filter(.,rnumb!="999") %>% 
+  select(.,c("rnumb","cpr","rtreat")) %>%
+  rename(.,record_id=rnumb)
+
+## Excluding undesired datasets
+## DAP, logfile, randomisation log, randomisation key
+## These will be kept and uploaded seperately
+files<-files[!grepl("dap",files)&
+               !grepl("transactions",files)&
+               !grepl("rand",files)]
+             
+## Get "first name" from all files
+fnames<-sapply(strsplit(files, "[_]"),"[[",1) # Just discovered the subset functions "[" and "[[". Wow!
+
+## Loading data sets to list
+ls<-list()
+for (i in 1:length(files)){
+  ## Get dataset, factorise labels, 
+  ## join with key-file, drop cpr and remove NA's
+  d<-left_join(key,
+               as_factor(read_dta(paste0("STATA13/",files[i]))),by="cpr") %>% 
+    # select(.,!"cpr") %>%
+    filter(.,!is.na(SYS_SITE)) ## SYS_DATA is in all sets, but fmed, uses SYS_SITE
+  d<-data.frame(d)
+  
+  ## Append dataframe to list
+  ls[[i]]<-d
+  names(ls)[i]<-fnames[i]
+  
+  ## Export original data frame
+  if (exp_out){
+    write.csv(d,paste0("REDCap/orig/",fnames[i],".csv"),row.names = FALSE)
+  }
+  
+}    
+
+## DAP variables to include, incl record_id
+vars<-c("record_id","hojde","vaegt","vaegt_anslaaet","rygning","alkohol","civil",
+        "bolig","diabetes","hyperten","perifer_arteriel","atriefli","ami",
+        "tidl_tci","trombolyse","trombektomi","nhiss_foer")
+
+# ## Importing and subsetting DAP-data- All in one style
+
+dap_d<-read_dta("/Volumes/Data/STATA13/dap_rapport_2017.dta") %>% ## Loading file with correct name
+  filter(.,!duplicated(cpr))%>% ## Limiting to first event
+  left_join(key,.,by="cpr")%>% ## Join with key for record_id's, to only keep entries also in key
+  select(.,all_of(vars)) ## Select only specified variables, leaving out cpr's
+
+ls[[length(ls)+1]]<-dap_d
+names(ls)[length(ls)]<-"reg"
+
+
+## Exporting attributes
+for (i in 1:length(ls)) {
+  ## Lists all attributes for export
+  l <- lapply(ls[[i]], attr, "label")
+  
+  for (j in 1:length(l)){
+    l[[j]]<-ifelse(is.null(l[[j]]),"No attr",l[[j]])
+  }
+  
+  la<-data.frame(names=names(l),attr=unlist(l))
+  
+  ## Export individual attribute files for data overview
+  if (exp_out){
+    write.csv(la,paste0("REDCap/attr/attr_",fnames[i],".csv"),row.names = FALSE)
+  }
+}
+
+## Naming and splitting in unique instruments for DataDictionary creation and data upload
+
+## Leave inklusion file, adverse events and other medication.
+## These are not needed for upload or will be uploaded seperately
+
+r_sel<-!(grepl("inkl",files)|grepl("ae_",files)|grepl("medicin",files))
+
+# Limiting name variables
+# r_files<-files[r_sel]
+r_fnames<-c(fnames[r_sel],"reg")
+
+# Selecting elements in list
+r_ls<-"["(ls,names(ls)%in%r_fnames)
+
+# New list for wrangling to rename variables and splitting by instance
+r_lup<-list()
+
+for (i in 1:length(r_ls)){    
+  ## Suffix generic variable names
+  d<-r_ls[[i]]
+  name<-names(r_ls)[[i]]
+  dn<-!(grepl(name,colnames(d))|colnames(d)%in%id_data)## Test colnames that does not contain instrument name
+  
+  colnames(d)[dn]<-paste0(name,"_",colnames(d)[dn]) ## Adds suffix to colnames to ensure unique names
+  # First entry is omitted, as this is the record_id
+  
+  ## Test for if conditions
+  ## Uses redundant double if, as else wasn't consistent
+  test<-grepl("INSTANCE",colnames(d),ignore.case = T )
+  
+  if (any(test)){
+    d[,test]<-factor(d[,test]) # Factorise to secure ordering
+    ins<-levels(d[,test]) # Instance numbers drawn from factor levels
+    
+    ds<-split(d[,!test] ,d[,test]) # Splits by instance and drops instance variable
+    names(ds)<-paste0(name,"_",ins) # Names frames by instrument, appends instance
+    for (j in 1:length(ds)){
+      colnames(ds[[j]])[!colnames(ds[[j]])%in%id_data]<-paste0(colnames(ds[[j]])[!colnames(ds[[j]])%in%id_data],"_",ins[j])
+      ## Append instance number
+    }
+    
+    r_lup<-append(r_lup,ds)
+  }
+  
+  if (!any(test)) {
+    r_lup[[length(r_lup)+1]]<-d
+    names(r_lup)[length(r_lup)]<-name
+  }
+  
+}
+
+## Load REDCap instrument example file for variable names
+icname<-colnames(read.csv("/Volumes/Data/REDCap/examples/examlpe instrument.csv"))
+dd<-data.frame(matrix(ncol = length(icname))) ## Data frame to collect all
+colnames(dd)<-icname
+
+## Instrument for DataDictionary
+## Format dataset for REDCap upload
+
+for (i in 1:length(r_lup)){
+  dd_i<-data.frame(matrix(ncol = length(icname),nrow = ncol("[["(r_lup,i)))) ## Data frame to collect all
+  
+  colnames(dd_i)<-icname ## for easier reading
+  
+  ## Variable names
+  dd_i[1]<-colnames("[["(r_lup,i))
+  
+  ## Form Name
+  dd_i[2]<-names(r_lup)[i]
+  
+  ## Field Type
+  # dd_i[4]<-ifelse(sapply(r_lup[[i]], class)=="factor","radio","text")
+  dd_i[4]<-"text"
+  
+  ## Field Label
+  ## Using original attributes as field labels
+  fl<-lapply(r_lup[[i]], attr, "label")
+  for (j in 1:length(fl)){
+    fl[[j]]<-ifelse(is.null(fl[[j]]),
+                    names(fl)[[j]],
+                    fl[[j]])
+    ##  If no attributes, variable name is used as "placeholder"
+  }
+  dd_i[5]<-unlist(fl)
+  
+  ## Choices
+  # for (j in 1:ncol(r_lup[[i]])){
+  #   if (is.factor(r_lup[[i]][[j]])){
+  #     lvl<-levels(r_lup[[i]][[j]])
+  #     lvl_ch<-paste("1,",lvl[1])
+  #     for (k in 2:length(lvl)){
+  #       lvl_ch<-c(paste0(lvl_ch," | ",k,", ",lvl[k]))
+  #     }
+  #     dd_i[j,6]<-lvl_ch
+  #   }
+  # }
+  
+  ## Text Validation
+  ## Only used for date and time data
+  # for (j in 1:ncol(r_lup[[i]])){
+  #   dd_i[j,8]<-case_when(class(r_lup[[i]][[j]])[1]%in%c("POSIXct","POSIXt") ~"datetime_seconds_ymd",
+  #                        class(r_lup[[i]][[j]])[1]%in%c("Date") ~"date_ymd")
+  # }
+  
+  ## Merge all
+  dd<-rbind(dd,dd_i)
+  
+  if (exp_out){
+    # dir.create(file.path("/Volumes/Data/REDCap/data",names(r_lup)[[i]]))
+    write.csv(r_lup[[i]],paste0("/Volumes/Data/REDCap/data/",names(r_lup)[[i]],".csv"),row.names = FALSE)
+  }
+  
+}
+
+# Readies the DataDictionary for export by limiting to unique identifier (leaving out multiple record ids) and omitting NAs
+dd_exp<-dd %>% filter(.,!(duplicated(Variable...Field.Name)|is.na(Variable...Field.Name)))
+
+## Marking identifier variables
+dd_exp$Identifier.[dd_exp$Variable...Field.Name%in%id_data]<-"y"
+
+
+write.csv(dd_exp,"/Volumes/Data/REDCap/data_dictionary.csv",row.names = FALSE,na="")
+
+
+## ONE DATA SET TO RULE THEM ALL
+ds_all<-key
+for (i in names(r_lup)){
+  ds_all<-left_join(ds_all,"[["(r_lup,i)) 
+  ## All non-identifier variable names are unique, joining variable is not specified.
+}
+
+colnames(ds_all)<-colnames(ds_all)%>%tolower() ## All names in REDCap are lower case.
+
+if (exp_out){
+  write.csv(ds_all,"/Volumes/Data/REDCap/complete_dataset.csv",row.names = FALSE,na="")
+}
+
+
+## =============================================================================
+## REDCap upload
+## - worked, but headers should be lower case
+## 
+## - 02aug22 not allowed to export or import. 
+##   Try manual data upload after attribute merge.
+## =============================================================================
+
+if (auto_upload==TRUE){
+
+## Trying out native piping
+token_talos<-read.csv("/Users/au301842/talos_redcap_token.csv",colClasses = "character")|>
+  names()|>
+  # (\(x){ ## Shorthand for "anonymous lambda function". New "_" placeholder does not work.
+  #   substr(x,2,33)})()|>
+  suppressWarnings()
+
+## See https://towardsdatascience.com/understanding-the-native-r-pipe-98dea6d8b61b"
+## OBS: new placeholder "_" in >4.2.
+
+
+stts<-REDCapR::redcap_write(ds=ds_all,
+                   redcap_uri   = "https://redcap.rm.dk/api/",
+                   token        = token_talos
+                   )
+
+records_mod <- REDCapR::redcap_read_oneshot(
+  redcap_uri   = "https://redcap.rm.dk/api/",
+  token        = token_talos
+  )
+}
+
+## Notes:
+## - Validation and data selection options are not applied, as these are not necessary for upload.