andreas/REDCapCAST
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/agdamsbo/REDCapCAST.git synced 2024-11-25 14:21:54 +01:00
Code Issues Packages Projects Releases Wiki Activity
7f74ea5144
REDCapCAST/tests/testthat/test-primary-table-name.R

368 lines
15 KiB
R
Raw Blame History

## "Primary table name processing"
# Global variables -------------------------------------------------------
metadata <-
jsonlite::fromJSON(get_data_location("ExampleProject_metadata.json"))
records <-
jsonlite::fromJSON(get_data_location("ExampleProject_records.json"))
# ref_hash <- "2c8b6531597182af1248f92124161e0c"
# Tests -------------------------------------------------------------------
test_that("Will not use a repeating instrument name for primary table", {
# local_edition(3)
#
expect_warning(
REDCap_split(records, metadata, "sale"),
"primary table"
)
redcap_output_json1 <-
suppressWarnings(REDCap_split(records, metadata, "sale"))
# dput(redcap_output_json1)
expect_identical(
redcap_output_json1,
list(structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
),
mpg = c(
"15.2", "10.4", "13.3", "14.7", "22.8", "15.5", "14.3",
"19.7", "32.4", "27.3", "15.8", "30.4", "21.4", "18.7", "10.4",
"30.4", "15", "21", "21", "22.8", "24.4", "19.2", "17.8",
"16.4", "17.3", "15.2", "19.2", "26", "33.9", "21.5", "18.1",
"21.4"
), cyl = c(
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "8", "6",
"4", "4", "8", "4", "6", "8", "8", "4", "8", "6", "6", "4",
"4", "6", "6", "8", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "6", "4"
), disp = c(
"304", "472", "350", "440", "108", "318", "360",
"145", "78.7", "79", "351", "75.7", "258", "360", "460",
"95.1", "301", "160", "160", "140.8", "146.7", "167.6", "167.6",
"275.8", "275.8", "275.8", "400", "120.3", "71.1", "120.1",
"225", "121"
), hp = c(
"150", "205", "245", "230", "93", "150",
"245", "175", "66", "66", "264", "52", "110", "175", "215",
"113", "335", "110", "110", "95", "62", "123", "123", "180",
"180", "180", "175", "91", "65", "97", "105", "109"
), drat = c(
"3.15",
"2.93", "3.73", "3.23", "3.85", "2.76", "3.21", "3.62", "4.08",
"4.08", "4.22", "4.93", "3.08", "3.15", "3", "3.77", "3.54",
"3.9", "3.9", "3.92", "3.69", "3.92", "3.92", "3.07", "3.07",
"3.07", "3.08", "4.43", "4.22", "3.7", "2.76", "4.11"
), wt = c(
"3.435",
"5.25", "3.84", "5.345", "2.32", "3.52", "3.57", "2.77",
"2.2", "1.935", "3.17", "1.615", "3.215", "3.44", "5.424",
"1.513", "3.57", "2.62", "2.875", "3.15", "3.19", "3.44",
"3.44", "4.07", "3.73", "3.78", "3.845", "2.14", "1.835",
"2.465", "3.46", "2.78"
), qsec = c(
"17.3", "17.98", "15.41",
"17.42", "18.61", "16.87", "15.84", "15.5", "19.47", "18.9",
"14.5", "18.52", "19.44", "17.02", "17.82", "16.9", "14.6",
"16.46", "17.02", "22.9", "20", "18.3", "18.9", "17.4", "17.6",
"18", "17.05", "16.7", "19.9", "20.01", "20.22", "18.6"
),
vs = c(
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1",
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1"
), am = c(
"0",
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0",
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1"
), gear = c(
"3", "3", "3",
"3", "4", "3", "3", "5", "4", "4", "5", "4", "3", "3", "3",
"5", "5", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "3", "3", "3", "3",
"5", "4", "3", "3", "4"
), carb = c(
"2", "4", "4", "4", "1",
"2", "4", "6", "1", "1", "4", "2", "1", "2", "4", "2", "8",
"4", "4", "2", "2", "4", "4", "3", "3", "3", "2", "2", "1",
"1", "1", "2"
), color_available___red = c(
"1", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___green = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___blue = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___black = c(
"0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), motor_trend_cars_complete = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___a = c(
"1",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___b = c(
"1",
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___c = c(
"0",
"0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), choice = c(
"choice2",
"", "choice1", "choice1", "", "", "choice1", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "choice2", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", ""
), grouping_complete = c(
"2",
"0", "2", "2", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
)
), row.names = c(
1L, 5L,
6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L,
42L, 43L, 44L, 45L
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "AMC Javelin", "AMC Javelin", "Camaro Z28",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Duster 360", "Duster 360",
"Duster 360", "Duster 360", "Merc 230", "Merc 230", "Merc 230"
), redcap_repeat_instrument = c(
"sale", "sale", "sale", "sale",
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
"sale"
), redcap_repeat_instance = c(
"1", "2", "3", "1", "2",
"1", "1", "2", "3", "4", "1", "2", "3"
), price = c(
"12000.50",
"13750.77", "15004.57", "7800.00", "8000.00", "7500.00",
"8756.40", "6800.88", "8888.88", "970.00", "7800.98", "7954.00",
"6800.55"
), color = c(
"1", "3", "2", "2", "3", "1", "4",
"2", "1", "4", "2", "1", "3"
), customer = c(
"Bob", "Sue",
"Kim", "Janice", "Tim", "Jim", "Sarah", "Pablo", "Erica",
"Juan", "Ted", "Quentin", "Sharon"
), sale_complete = c(
"0",
"2", "0", "2", "0", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "2"
)
), row.names = c(
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L,
17L, 31L, 32L, 33L
), class = "data.frame"))
)
# expect_snapshot(redcap_output_json1)
# expect_known_hash(redcap_output_json1, ref_hash)
})
test_that("Names are set correctly and output is identical", {
# local_edition(3)
redcap_output_json2 <- REDCap_split(records, metadata, "main")
expect_identical(names(redcap_output_json2), c("main", "sale"))
# expect_known_hash(setNames(redcap_output_json2, c("", "sale")), ref_hash)
# dput(redcap_output_json2)
expect_identical(
redcap_output_json2,
list(main = structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
),
mpg = c(
"15.2", "10.4", "13.3", "14.7", "22.8", "15.5", "14.3",
"19.7", "32.4", "27.3", "15.8", "30.4", "21.4", "18.7", "10.4",
"30.4", "15", "21", "21", "22.8", "24.4", "19.2", "17.8",
"16.4", "17.3", "15.2", "19.2", "26", "33.9", "21.5", "18.1",
"21.4"
), cyl = c(
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "8", "6",
"4", "4", "8", "4", "6", "8", "8", "4", "8", "6", "6", "4",
"4", "6", "6", "8", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "6", "4"
), disp = c(
"304", "472", "350", "440", "108", "318", "360",
"145", "78.7", "79", "351", "75.7", "258", "360", "460",
"95.1", "301", "160", "160", "140.8", "146.7", "167.6", "167.6",
"275.8", "275.8", "275.8", "400", "120.3", "71.1", "120.1",
"225", "121"
), hp = c(
"150", "205", "245", "230", "93", "150",
"245", "175", "66", "66", "264", "52", "110", "175", "215",
"113", "335", "110", "110", "95", "62", "123", "123", "180",
"180", "180", "175", "91", "65", "97", "105", "109"
), drat = c(
"3.15",
"2.93", "3.73", "3.23", "3.85", "2.76", "3.21", "3.62", "4.08",
"4.08", "4.22", "4.93", "3.08", "3.15", "3", "3.77", "3.54",
"3.9", "3.9", "3.92", "3.69", "3.92", "3.92", "3.07", "3.07",
"3.07", "3.08", "4.43", "4.22", "3.7", "2.76", "4.11"
), wt = c(
"3.435",
"5.25", "3.84", "5.345", "2.32", "3.52", "3.57", "2.77",
"2.2", "1.935", "3.17", "1.615", "3.215", "3.44", "5.424",
"1.513", "3.57", "2.62", "2.875", "3.15", "3.19", "3.44",
"3.44", "4.07", "3.73", "3.78", "3.845", "2.14", "1.835",
"2.465", "3.46", "2.78"
), qsec = c(
"17.3", "17.98", "15.41",
"17.42", "18.61", "16.87", "15.84", "15.5", "19.47", "18.9",
"14.5", "18.52", "19.44", "17.02", "17.82", "16.9", "14.6",
"16.46", "17.02", "22.9", "20", "18.3", "18.9", "17.4", "17.6",
"18", "17.05", "16.7", "19.9", "20.01", "20.22", "18.6"
),
vs = c(
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1",
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1"
), am = c(
"0",
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0",
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1"
), gear = c(
"3", "3", "3",
"3", "4", "3", "3", "5", "4", "4", "5", "4", "3", "3", "3",
"5", "5", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "3", "3", "3", "3",
"5", "4", "3", "3", "4"
), carb = c(
"2", "4", "4", "4", "1",
"2", "4", "6", "1", "1", "4", "2", "1", "2", "4", "2", "8",
"4", "4", "2", "2", "4", "4", "3", "3", "3", "2", "2", "1",
"1", "1", "2"
), color_available___red = c(
"1", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___green = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___blue = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___black = c(
"0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), motor_trend_cars_complete = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___a = c(
"1",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___b = c(
"1",
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___c = c(
"0",
"0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), choice = c(
"choice2",
"", "choice1", "choice1", "", "", "choice1", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "choice2", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", ""
), grouping_complete = c(
"2",
"0", "2", "2", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
)
), row.names = c(
1L, 5L,
6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L,
42L, 43L, 44L, 45L
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "AMC Javelin", "AMC Javelin", "Camaro Z28",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Duster 360", "Duster 360",
"Duster 360", "Duster 360", "Merc 230", "Merc 230", "Merc 230"
), redcap_repeat_instrument = c(
"sale", "sale", "sale", "sale",
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
"sale"
), redcap_repeat_instance = c(
"1", "2", "3", "1", "2",
"1", "1", "2", "3", "4", "1", "2", "3"
), price = c(
"12000.50",
"13750.77", "15004.57", "7800.00", "8000.00", "7500.00",
"8756.40", "6800.88", "8888.88", "970.00", "7800.98", "7954.00",
"6800.55"
), color = c(
"1", "3", "2", "2", "3", "1", "4",
"2", "1", "4", "2", "1", "3"
), customer = c(
"Bob", "Sue",
"Kim", "Janice", "Tim", "Jim", "Sarah", "Pablo", "Erica",
"Juan", "Ted", "Quentin", "Sharon"
), sale_complete = c(
"0",
"2", "0", "2", "0", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "2"
)
), row.names = c(
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L,
17L, 31L, 32L, 33L
), class = "data.frame"))
)
})
Reference in New Issue View Git Blame Copy Permalink