mirror of
https://github.com/agdamsbo/REDCapCAST.git
synced 2024-11-21 21:10:22 +01:00
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9f4bb011ac
...
77afc5650f
Author | SHA1 | Date | |
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77afc5650f | |||
235d940d9f | |||
fdad86d762 |
12
.Rprofile
12
.Rprofile
@ -1,9 +1,9 @@
|
||||
#options(
|
||||
# renv.settings.snapshot.type = "explicit",
|
||||
# renv.config.auto.snapshot = TRUE,
|
||||
# renv.config.pak.enabled = TRUE
|
||||
#)
|
||||
# source("renv/activate.R")
|
||||
options(
|
||||
renv.settings.snapshot.type = "explicit",
|
||||
renv.config.auto.snapshot = TRUE,
|
||||
renv.config.pak.enabled = TRUE
|
||||
)
|
||||
source("renv/activate.R")
|
||||
|
||||
if (interactive()) {
|
||||
suppressMessages(require(usethis))
|
||||
|
2
.github/workflows/pkgdown.yaml
vendored
2
.github/workflows/pkgdown.yaml
vendored
@ -30,6 +30,8 @@ jobs:
|
||||
with:
|
||||
use-public-rspm: true
|
||||
|
||||
- uses: r-lib/actions/setup-renv@v2
|
||||
|
||||
- uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
|
||||
with:
|
||||
extra-packages: any::pkgdown, local::.
|
||||
|
@ -32,7 +32,7 @@ ds2dd <-
|
||||
field.type = "text",
|
||||
field.label = NULL,
|
||||
include.column.names = FALSE,
|
||||
metadata = names(redcapcast_meta)) {
|
||||
metadata = metadata_names) {
|
||||
dd <- data.frame(matrix(ncol = length(metadata), nrow = ncol(ds)))
|
||||
colnames(dd) <- metadata
|
||||
|
||||
|
633
renv.lock
Normal file
633
renv.lock
Normal file
@ -0,0 +1,633 @@
|
||||
{
|
||||
"R": {
|
||||
"Version": "4.3.1",
|
||||
"Repositories": [
|
||||
{
|
||||
"Name": "CRAN",
|
||||
"URL": "https://cloud.r-project.org"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"Packages": {
|
||||
"R6": {
|
||||
"Package": "R6",
|
||||
"Version": "2.5.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
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"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
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"R"
|
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],
|
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"Hash": "470851b6d5d0ac559e9d01bb352b4021"
|
||||
},
|
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"REDCapR": {
|
||||
"Package": "REDCapR",
|
||||
"Version": "1.1.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"checkmate",
|
||||
"dplyr",
|
||||
"httr",
|
||||
"jsonlite",
|
||||
"magrittr",
|
||||
"methods",
|
||||
"readr",
|
||||
"rlang",
|
||||
"tibble",
|
||||
"tidyr"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "e76c401b631961c865b89bb5a4ea3b97"
|
||||
},
|
||||
"askpass": {
|
||||
"Package": "askpass",
|
||||
"Version": "1.2.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"sys"
|
||||
],
|
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"Hash": "cad6cf7f1d5f6e906700b9d3e718c796"
|
||||
},
|
||||
"assertthat": {
|
||||
"Package": "assertthat",
|
||||
"Version": "0.2.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"tools"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "50c838a310445e954bc13f26f26a6ecf"
|
||||
},
|
||||
"backports": {
|
||||
"Package": "backports",
|
||||
"Version": "1.4.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "c39fbec8a30d23e721980b8afb31984c"
|
||||
},
|
||||
"bit": {
|
||||
"Package": "bit",
|
||||
"Version": "4.0.5",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "d242abec29412ce988848d0294b208fd"
|
||||
},
|
||||
"bit64": {
|
||||
"Package": "bit64",
|
||||
"Version": "4.0.5",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"bit",
|
||||
"methods",
|
||||
"stats",
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "9fe98599ca456d6552421db0d6772d8f"
|
||||
},
|
||||
"checkmate": {
|
||||
"Package": "checkmate",
|
||||
"Version": "2.3.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "RSPM",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"backports",
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "c01cab1cb0f9125211a6fc99d540e315"
|
||||
},
|
||||
"cli": {
|
||||
"Package": "cli",
|
||||
"Version": "3.6.2",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "RSPM",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "1216ac65ac55ec0058a6f75d7ca0fd52"
|
||||
},
|
||||
"clipr": {
|
||||
"Package": "clipr",
|
||||
"Version": "0.8.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "3f038e5ac7f41d4ac41ce658c85e3042"
|
||||
},
|
||||
"cpp11": {
|
||||
"Package": "cpp11",
|
||||
"Version": "0.4.7",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "5a295d7d963cc5035284dcdbaf334f4e"
|
||||
},
|
||||
"crayon": {
|
||||
"Package": "crayon",
|
||||
"Version": "1.5.2",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"grDevices",
|
||||
"methods",
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "e8a1e41acf02548751f45c718d55aa6a"
|
||||
},
|
||||
"curl": {
|
||||
"Package": "curl",
|
||||
"Version": "5.2.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "ce88d13c0b10fe88a37d9c59dba2d7f9"
|
||||
},
|
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"dplyr": {
|
||||
"Package": "dplyr",
|
||||
"Version": "1.1.4",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"R6",
|
||||
"cli",
|
||||
"generics",
|
||||
"glue",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"magrittr",
|
||||
"methods",
|
||||
"pillar",
|
||||
"rlang",
|
||||
"tibble",
|
||||
"tidyselect",
|
||||
"utils",
|
||||
"vctrs"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "fedd9d00c2944ff00a0e2696ccf048ec"
|
||||
},
|
||||
"fansi": {
|
||||
"Package": "fansi",
|
||||
"Version": "1.0.6",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"grDevices",
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "962174cf2aeb5b9eea581522286a911f"
|
||||
},
|
||||
"filelock": {
|
||||
"Package": "filelock",
|
||||
"Version": "1.0.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "192053c276525c8495ccfd523aa8f2d1"
|
||||
},
|
||||
"generics": {
|
||||
"Package": "generics",
|
||||
"Version": "0.1.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"methods"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "15e9634c0fcd294799e9b2e929ed1b86"
|
||||
},
|
||||
"glue": {
|
||||
"Package": "glue",
|
||||
"Version": "1.7.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "RSPM",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"methods"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "e0b3a53876554bd45879e596cdb10a52"
|
||||
},
|
||||
"hms": {
|
||||
"Package": "hms",
|
||||
"Version": "1.1.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"methods",
|
||||
"pkgconfig",
|
||||
"rlang",
|
||||
"vctrs"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "b59377caa7ed00fa41808342002138f9"
|
||||
},
|
||||
"httr": {
|
||||
"Package": "httr",
|
||||
"Version": "1.4.7",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"R6",
|
||||
"curl",
|
||||
"jsonlite",
|
||||
"mime",
|
||||
"openssl"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "ac107251d9d9fd72f0ca8049988f1d7f"
|
||||
},
|
||||
"jsonlite": {
|
||||
"Package": "jsonlite",
|
||||
"Version": "1.8.8",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "RSPM",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"methods"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "e1b9c55281c5adc4dd113652d9e26768"
|
||||
},
|
||||
"keyring": {
|
||||
"Package": "keyring",
|
||||
"Version": "1.3.2",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"R6",
|
||||
"askpass",
|
||||
"assertthat",
|
||||
"filelock",
|
||||
"openssl",
|
||||
"rappdirs",
|
||||
"sodium",
|
||||
"tools",
|
||||
"utils",
|
||||
"yaml"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "5cd8cfb2e90c57110b7dd1785c599aba"
|
||||
},
|
||||
"lifecycle": {
|
||||
"Package": "lifecycle",
|
||||
"Version": "1.0.4",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "RSPM",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"cli",
|
||||
"glue",
|
||||
"rlang"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "b8552d117e1b808b09a832f589b79035"
|
||||
},
|
||||
"magrittr": {
|
||||
"Package": "magrittr",
|
||||
"Version": "2.0.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "7ce2733a9826b3aeb1775d56fd305472"
|
||||
},
|
||||
"mime": {
|
||||
"Package": "mime",
|
||||
"Version": "0.12",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"tools"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "18e9c28c1d3ca1560ce30658b22ce104"
|
||||
},
|
||||
"openssl": {
|
||||
"Package": "openssl",
|
||||
"Version": "2.1.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"askpass"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "2a0dc8c6adfb6f032e4d4af82d258ab5"
|
||||
},
|
||||
"pillar": {
|
||||
"Package": "pillar",
|
||||
"Version": "1.9.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"cli",
|
||||
"fansi",
|
||||
"glue",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"rlang",
|
||||
"utf8",
|
||||
"utils",
|
||||
"vctrs"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "15da5a8412f317beeee6175fbc76f4bb"
|
||||
},
|
||||
"pkgconfig": {
|
||||
"Package": "pkgconfig",
|
||||
"Version": "2.0.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "01f28d4278f15c76cddbea05899c5d6f"
|
||||
},
|
||||
"prettyunits": {
|
||||
"Package": "prettyunits",
|
||||
"Version": "1.2.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "6b01fc98b1e86c4f705ce9dcfd2f57c7"
|
||||
},
|
||||
"progress": {
|
||||
"Package": "progress",
|
||||
"Version": "1.2.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"R6",
|
||||
"crayon",
|
||||
"hms",
|
||||
"prettyunits"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "f4625e061cb2865f111b47ff163a5ca6"
|
||||
},
|
||||
"purrr": {
|
||||
"Package": "purrr",
|
||||
"Version": "1.0.2",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"cli",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"magrittr",
|
||||
"rlang",
|
||||
"vctrs"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "1cba04a4e9414bdefc9dcaa99649a8dc"
|
||||
},
|
||||
"rappdirs": {
|
||||
"Package": "rappdirs",
|
||||
"Version": "0.3.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "5e3c5dc0b071b21fa128676560dbe94d"
|
||||
},
|
||||
"readr": {
|
||||
"Package": "readr",
|
||||
"Version": "2.1.5",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"R6",
|
||||
"cli",
|
||||
"clipr",
|
||||
"cpp11",
|
||||
"crayon",
|
||||
"hms",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"methods",
|
||||
"rlang",
|
||||
"tibble",
|
||||
"tzdb",
|
||||
"utils",
|
||||
"vroom"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "9de96463d2117f6ac49980577939dfb3"
|
||||
},
|
||||
"renv": {
|
||||
"Package": "renv",
|
||||
"Version": "1.0.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "41b847654f567341725473431dd0d5ab"
|
||||
},
|
||||
"rlang": {
|
||||
"Package": "rlang",
|
||||
"Version": "1.1.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "RSPM",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "42548638fae05fd9a9b5f3f437fbbbe2"
|
||||
},
|
||||
"sodium": {
|
||||
"Package": "sodium",
|
||||
"Version": "1.3.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Hash": "dd86d6fd2a01d4eb3777dfdee7076d56"
|
||||
},
|
||||
"stringi": {
|
||||
"Package": "stringi",
|
||||
"Version": "1.8.3",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"stats",
|
||||
"tools",
|
||||
"utils"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "058aebddea264f4c99401515182e656a"
|
||||
},
|
||||
"stringr": {
|
||||
"Package": "stringr",
|
||||
"Version": "1.5.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"cli",
|
||||
"glue",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"magrittr",
|
||||
"rlang",
|
||||
"stringi",
|
||||
"vctrs"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "960e2ae9e09656611e0b8214ad543207"
|
||||
},
|
||||
"sys": {
|
||||
"Package": "sys",
|
||||
"Version": "3.4.2",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Hash": "3a1be13d68d47a8cd0bfd74739ca1555"
|
||||
},
|
||||
"tibble": {
|
||||
"Package": "tibble",
|
||||
"Version": "3.2.1",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"fansi",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"magrittr",
|
||||
"methods",
|
||||
"pillar",
|
||||
"pkgconfig",
|
||||
"rlang",
|
||||
"utils",
|
||||
"vctrs"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "a84e2cc86d07289b3b6f5069df7a004c"
|
||||
},
|
||||
"tidyr": {
|
||||
"Package": "tidyr",
|
||||
"Version": "1.3.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"cli",
|
||||
"cpp11",
|
||||
"dplyr",
|
||||
"glue",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"magrittr",
|
||||
"purrr",
|
||||
"rlang",
|
||||
"stringr",
|
||||
"tibble",
|
||||
"tidyselect",
|
||||
"utils",
|
||||
"vctrs"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "e47debdc7ce599b070c8e78e8ac0cfcf"
|
||||
},
|
||||
"tidyselect": {
|
||||
"Package": "tidyselect",
|
||||
"Version": "1.2.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"cli",
|
||||
"glue",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"rlang",
|
||||
"vctrs",
|
||||
"withr"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "79540e5fcd9e0435af547d885f184fd5"
|
||||
},
|
||||
"tzdb": {
|
||||
"Package": "tzdb",
|
||||
"Version": "0.4.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"cpp11"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "f561504ec2897f4d46f0c7657e488ae1"
|
||||
},
|
||||
"utf8": {
|
||||
"Package": "utf8",
|
||||
"Version": "1.2.4",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "62b65c52671e6665f803ff02954446e9"
|
||||
},
|
||||
"vctrs": {
|
||||
"Package": "vctrs",
|
||||
"Version": "0.6.5",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"cli",
|
||||
"glue",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"rlang"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "c03fa420630029418f7e6da3667aac4a"
|
||||
},
|
||||
"vroom": {
|
||||
"Package": "vroom",
|
||||
"Version": "1.6.5",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"bit64",
|
||||
"cli",
|
||||
"cpp11",
|
||||
"crayon",
|
||||
"glue",
|
||||
"hms",
|
||||
"lifecycle",
|
||||
"methods",
|
||||
"progress",
|
||||
"rlang",
|
||||
"stats",
|
||||
"tibble",
|
||||
"tidyselect",
|
||||
"tzdb",
|
||||
"vctrs",
|
||||
"withr"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "390f9315bc0025be03012054103d227c"
|
||||
},
|
||||
"withr": {
|
||||
"Package": "withr",
|
||||
"Version": "3.0.0",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Requirements": [
|
||||
"R",
|
||||
"grDevices",
|
||||
"graphics"
|
||||
],
|
||||
"Hash": "d31b6c62c10dcf11ec530ca6b0dd5d35"
|
||||
},
|
||||
"yaml": {
|
||||
"Package": "yaml",
|
||||
"Version": "2.3.8",
|
||||
"Source": "Repository",
|
||||
"Repository": "CRAN",
|
||||
"Hash": "29240487a071f535f5e5d5a323b7afbd"
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
7
renv/.gitignore
vendored
Normal file
7
renv/.gitignore
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||
library/
|
||||
local/
|
||||
cellar/
|
||||
lock/
|
||||
python/
|
||||
sandbox/
|
||||
staging/
|
1180
renv/activate.R
Normal file
1180
renv/activate.R
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
19
renv/settings.json
Normal file
19
renv/settings.json
Normal file
@ -0,0 +1,19 @@
|
||||
{
|
||||
"bioconductor.version": null,
|
||||
"external.libraries": [],
|
||||
"ignored.packages": [],
|
||||
"package.dependency.fields": [
|
||||
"Imports",
|
||||
"Depends",
|
||||
"LinkingTo"
|
||||
],
|
||||
"ppm.enabled": null,
|
||||
"ppm.ignored.urls": [],
|
||||
"r.version": null,
|
||||
"snapshot.type": "explicit",
|
||||
"use.cache": true,
|
||||
"vcs.ignore.cellar": true,
|
||||
"vcs.ignore.library": true,
|
||||
"vcs.ignore.local": true,
|
||||
"vcs.manage.ignores": true
|
||||
}
|
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