mirror of
https://github.com/agdamsbo/REDCapCAST.git
synced 2024-11-24 14:01:55 +01:00
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No commits in common. "93c68d9f20ef057311b6d7f879494759ade54978" and "c7ab477203eb62f1ea6b44d5d874fc2e2b2827b6" have entirely different histories.
93c68d9f20
...
c7ab477203
@ -1,3 +1,5 @@
|
|||||||
|
^renv$
|
||||||
|
^renv\.lock$
|
||||||
^.*\.Rproj$
|
^.*\.Rproj$
|
||||||
^\.Rproj\.user$
|
^\.Rproj\.user$
|
||||||
^data-raw$
|
^data-raw$
|
||||||
|
|||||||
13
.Rprofile
Normal file
13
.Rprofile
Normal file
@ -0,0 +1,13 @@
|
|||||||
|
# options(
|
||||||
|
# renv.settings.snapshot.type = "explicit",
|
||||||
|
# renv.config.auto.snapshot = TRUE,
|
||||||
|
# renv.config.pak.enabled = TRUE,
|
||||||
|
# rmarkdown.html_vignette.check_title = FALSE
|
||||||
|
# )
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||||||
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||||||
|
# source("renv/activate.R")
|
||||||
|
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if (interactive()) {
|
||||||
|
suppressMessages(require(usethis))
|
||||||
|
}
|
||||||
@ -54,8 +54,7 @@ install.packages("REDCapCAST")
|
|||||||
Install the latest version directly from GitHub:
|
Install the latest version directly from GitHub:
|
||||||
|
|
||||||
```
|
```
|
||||||
require("remotes")
|
pak::pak("agdamsbo/REDCapCAST")
|
||||||
remotes::install_github("agdamsbo/REDCapCAST")
|
|
||||||
```
|
```
|
||||||
|
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||||||
## Code of Conduct
|
## Code of Conduct
|
||||||
|
|||||||
@ -58,7 +58,6 @@ pos
|
|||||||
pre
|
pre
|
||||||
readr
|
readr
|
||||||
realising
|
realising
|
||||||
renv
|
|
||||||
sel
|
sel
|
||||||
sep
|
sep
|
||||||
seperator
|
seperator
|
||||||
|
|||||||
@ -1,3 +1,5 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
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||||||
# Check the RCurl export ---------------------------------------------------
|
# Check the RCurl export ---------------------------------------------------
|
||||||
test_that("JSON character vector from RCurl matches reference", {
|
test_that("JSON character vector from RCurl matches reference", {
|
||||||
metadata <-
|
metadata <-
|
||||||
@ -8,168 +10,6 @@ test_that("JSON character vector from RCurl matches reference", {
|
|||||||
|
|
||||||
redcap_output_json1 <- REDCap_split(records, metadata)
|
redcap_output_json1 <- REDCap_split(records, metadata)
|
||||||
|
|
||||||
# expect_known_hash(redcap_output_json1, "2c8b6531597182af1248f92124161e0c")
|
expect_known_hash(redcap_output_json1, "2c8b6531597182af1248f92124161e0c")
|
||||||
# dput(redcap_output_json1)
|
|
||||||
expect_identical(
|
|
||||||
redcap_output_json1,
|
|
||||||
list(structure(list(
|
|
||||||
row = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
|
|
||||||
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
|
|
||||||
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
|
|
||||||
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
|
|
||||||
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
|
|
||||||
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
|
|
||||||
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
|
|
||||||
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
|
|
||||||
),
|
|
||||||
mpg = c(
|
|
||||||
"15.2", "10.4", "13.3", "14.7", "22.8", "15.5", "14.3",
|
|
||||||
"19.7", "32.4", "27.3", "15.8", "30.4", "21.4", "18.7", "10.4",
|
|
||||||
"30.4", "15", "21", "21", "22.8", "24.4", "19.2", "17.8",
|
|
||||||
"16.4", "17.3", "15.2", "19.2", "26", "33.9", "21.5", "18.1",
|
|
||||||
"21.4"
|
|
||||||
), cyl = c(
|
|
||||||
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "8", "6",
|
|
||||||
"4", "4", "8", "4", "6", "8", "8", "4", "8", "6", "6", "4",
|
|
||||||
"4", "6", "6", "8", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "6", "4"
|
|
||||||
), disp = c(
|
|
||||||
"304", "472", "350", "440", "108", "318", "360",
|
|
||||||
"145", "78.7", "79", "351", "75.7", "258", "360", "460",
|
|
||||||
"95.1", "301", "160", "160", "140.8", "146.7", "167.6", "167.6",
|
|
||||||
"275.8", "275.8", "275.8", "400", "120.3", "71.1", "120.1",
|
|
||||||
"225", "121"
|
|
||||||
), hp = c(
|
|
||||||
"150", "205", "245", "230", "93", "150",
|
|
||||||
"245", "175", "66", "66", "264", "52", "110", "175", "215",
|
|
||||||
"113", "335", "110", "110", "95", "62", "123", "123", "180",
|
|
||||||
"180", "180", "175", "91", "65", "97", "105", "109"
|
|
||||||
), drat = c(
|
|
||||||
"3.15",
|
|
||||||
"2.93", "3.73", "3.23", "3.85", "2.76", "3.21", "3.62", "4.08",
|
|
||||||
"4.08", "4.22", "4.93", "3.08", "3.15", "3", "3.77", "3.54",
|
|
||||||
"3.9", "3.9", "3.92", "3.69", "3.92", "3.92", "3.07", "3.07",
|
|
||||||
"3.07", "3.08", "4.43", "4.22", "3.7", "2.76", "4.11"
|
|
||||||
), wt = c(
|
|
||||||
"3.435",
|
|
||||||
"5.25", "3.84", "5.345", "2.32", "3.52", "3.57", "2.77",
|
|
||||||
"2.2", "1.935", "3.17", "1.615", "3.215", "3.44", "5.424",
|
|
||||||
"1.513", "3.57", "2.62", "2.875", "3.15", "3.19", "3.44",
|
|
||||||
"3.44", "4.07", "3.73", "3.78", "3.845", "2.14", "1.835",
|
|
||||||
"2.465", "3.46", "2.78"
|
|
||||||
), qsec = c(
|
|
||||||
"17.3", "17.98", "15.41",
|
|
||||||
"17.42", "18.61", "16.87", "15.84", "15.5", "19.47", "18.9",
|
|
||||||
"14.5", "18.52", "19.44", "17.02", "17.82", "16.9", "14.6",
|
|
||||||
"16.46", "17.02", "22.9", "20", "18.3", "18.9", "17.4", "17.6",
|
|
||||||
"18", "17.05", "16.7", "19.9", "20.01", "20.22", "18.6"
|
|
||||||
),
|
|
||||||
vs = c(
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1",
|
|
||||||
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
|
|
||||||
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1"
|
|
||||||
), am = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1"
|
|
||||||
), gear = c(
|
|
||||||
"3", "3", "3",
|
|
||||||
"3", "4", "3", "3", "5", "4", "4", "5", "4", "3", "3", "3",
|
|
||||||
"5", "5", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "3", "3", "3", "3",
|
|
||||||
"5", "4", "3", "3", "4"
|
|
||||||
), carb = c(
|
|
||||||
"2", "4", "4", "4", "1",
|
|
||||||
"2", "4", "6", "1", "1", "4", "2", "1", "2", "4", "2", "8",
|
|
||||||
"4", "4", "2", "2", "4", "4", "3", "3", "3", "2", "2", "1",
|
|
||||||
"1", "1", "2"
|
|
||||||
), color_available___red = c(
|
|
||||||
"1", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___green = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___blue = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___black = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), motor_trend_cars_complete = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___a = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___b = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___c = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), choice = c(
|
|
||||||
"choice2",
|
|
||||||
"", "choice1", "choice1", "", "", "choice1", "", "", "",
|
|
||||||
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "choice2", "", "", "",
|
|
||||||
"", "", "", "", "", "", "", "", ""
|
|
||||||
), grouping_complete = c(
|
|
||||||
"2",
|
|
||||||
"0", "2", "2", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
1L, 5L,
|
|
||||||
6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
|
|
||||||
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L,
|
|
||||||
42L, 43L, 44L, 45L
|
|
||||||
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
|
|
||||||
row = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin", "AMC Javelin", "AMC Javelin", "Camaro Z28",
|
|
||||||
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Duster 360", "Duster 360",
|
|
||||||
"Duster 360", "Duster 360", "Merc 230", "Merc 230", "Merc 230"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instrument = c(
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instance = c(
|
|
||||||
"1", "2", "3", "1", "2",
|
|
||||||
"1", "1", "2", "3", "4", "1", "2", "3"
|
|
||||||
), price = c(
|
|
||||||
"12000.50",
|
|
||||||
"13750.77", "15004.57", "7800.00", "8000.00", "7500.00",
|
|
||||||
"8756.40", "6800.88", "8888.88", "970.00", "7800.98", "7954.00",
|
|
||||||
"6800.55"
|
|
||||||
), color = c(
|
|
||||||
"1", "3", "2", "2", "3", "1", "4",
|
|
||||||
"2", "1", "4", "2", "1", "3"
|
|
||||||
), customer = c(
|
|
||||||
"Bob", "Sue",
|
|
||||||
"Kim", "Janice", "Tim", "Jim", "Sarah", "Pablo", "Erica",
|
|
||||||
"Juan", "Ted", "Quentin", "Sharon"
|
|
||||||
), sale_complete = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"2", "0", "2", "0", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "2"
|
|
||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L,
|
|
||||||
17L, 31L, 32L, 33L
|
|
||||||
), class = "data.frame"))
|
|
||||||
)
|
|
||||||
})
|
})
|
||||||
|
|||||||
@ -13,174 +13,7 @@ redcap_output_csv1 <- REDCap_split(records, metadata)
|
|||||||
|
|
||||||
# Test that basic CSV export matches reference ------------------------------
|
# Test that basic CSV export matches reference ------------------------------
|
||||||
test_that("CSV export matches reference", {
|
test_that("CSV export matches reference", {
|
||||||
# expect_known_hash(redcap_output_csv1, "cb5074a06e1abcf659d60be1016965d2")
|
expect_known_hash(redcap_output_csv1, "cb5074a06e1abcf659d60be1016965d2")
|
||||||
# dput(redcap_output_csv1)
|
|
||||||
expect_identical(
|
|
||||||
redcap_output_csv1,
|
|
||||||
list(
|
|
||||||
structure(list(
|
|
||||||
row = structure(1:32, levels = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin",
|
|
||||||
"Cadillac Fleetwood", "Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710",
|
|
||||||
"Dodge Challenger", "Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128",
|
|
||||||
"Fiat X1-9", "Ford Pantera L", "Honda Civic", "Hornet 4 Drive",
|
|
||||||
"Hornet Sportabout", "Lincoln Continental", "Lotus Europa", "Maserati Bora",
|
|
||||||
"Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag", "Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280",
|
|
||||||
"Merc 280C", "Merc 450SE", "Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird",
|
|
||||||
"Porsche 914-2", "Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant",
|
|
||||||
"Volvo 142E"
|
|
||||||
), class = "factor"), mpg = c(
|
|
||||||
15.2, 10.4, 13.3, 14.7,
|
|
||||||
22.8, 15.5, 14.3, 19.7, 32.4, 27.3, 15.8, 30.4, 21.4, 18.7, 10.4,
|
|
||||||
30.4, 15, 21, 21, 22.8, 24.4, 19.2, 17.8, 16.4, 17.3, 15.2, 19.2,
|
|
||||||
26, 33.9, 21.5, 18.1, 21.4
|
|
||||||
), cyl = c(
|
|
||||||
8L, 8L, 8L, 8L, 4L, 8L,
|
|
||||||
8L, 6L, 4L, 4L, 8L, 4L, 6L, 8L, 8L, 4L, 8L, 6L, 6L, 4L, 4L, 6L,
|
|
||||||
6L, 8L, 8L, 8L, 8L, 4L, 4L, 4L, 6L, 4L
|
|
||||||
), disp = c(
|
|
||||||
304, 472, 350,
|
|
||||||
440, 108, 318, 360, 145, 78.7, 79, 351, 75.7, 258, 360, 460,
|
|
||||||
95.1, 301, 160, 160, 140.8, 146.7, 167.6, 167.6, 275.8, 275.8,
|
|
||||||
275.8, 400, 120.3, 71.1, 120.1, 225, 121
|
|
||||||
), hp = c(
|
|
||||||
150L, 205L,
|
|
||||||
245L, 230L, 93L, 150L, 245L, 175L, 66L, 66L, 264L, 52L, 110L,
|
|
||||||
175L, 215L, 113L, 335L, 110L, 110L, 95L, 62L, 123L, 123L, 180L,
|
|
||||||
180L, 180L, 175L, 91L, 65L, 97L, 105L, 109L
|
|
||||||
), drat = c(
|
|
||||||
3.15,
|
|
||||||
2.93, 3.73, 3.23, 3.85, 2.76, 3.21, 3.62, 4.08, 4.08, 4.22, 4.93,
|
|
||||||
3.08, 3.15, 3, 3.77, 3.54, 3.9, 3.9, 3.92, 3.69, 3.92, 3.92,
|
|
||||||
3.07, 3.07, 3.07, 3.08, 4.43, 4.22, 3.7, 2.76, 4.11
|
|
||||||
), wt = c(
|
|
||||||
3.435,
|
|
||||||
5.25, 3.84, 5.345, 2.32, 3.52, 3.57, 2.77, 2.2, 1.935, 3.17,
|
|
||||||
1.615, 3.215, 3.44, 5.424, 1.513, 3.57, 2.62, 2.875, 3.15, 3.19,
|
|
||||||
3.44, 3.44, 4.07, 3.73, 3.78, 3.845, 2.14, 1.835, 2.465, 3.46,
|
|
||||||
2.78
|
|
||||||
), qsec = c(
|
|
||||||
17.3, 17.98, 15.41, 17.42, 18.61, 16.87, 15.84,
|
|
||||||
15.5, 19.47, 18.9, 14.5, 18.52, 19.44, 17.02, 17.82, 16.9, 14.6,
|
|
||||||
16.46, 17.02, 22.9, 20, 18.3, 18.9, 17.4, 17.6, 18, 17.05, 16.7,
|
|
||||||
19.9, 20.01, 20.22, 18.6
|
|
||||||
), vs = c(
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), am = c(
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
|
|
||||||
0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L
|
|
||||||
), gear = c(
|
|
||||||
3L, 3L,
|
|
||||||
3L, 3L, 4L, 3L, 3L, 5L, 4L, 4L, 5L, 4L, 3L, 3L, 3L, 5L, 5L, 4L,
|
|
||||||
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L, 3L, 5L, 4L, 3L, 3L, 4L
|
|
||||||
), carb = c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
4L, 4L, 4L, 1L, 2L, 4L, 6L, 1L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 8L,
|
|
||||||
4L, 4L, 2L, 2L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L
|
|
||||||
),
|
|
||||||
color_available___red = c(
|
|
||||||
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), color_available___green = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L
|
|
||||||
), color_available___blue = c(
|
|
||||||
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), color_available___black = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L
|
|
||||||
), motor_trend_cars_complete = c(
|
|
||||||
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), letter_group___a = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L
|
|
||||||
), letter_group___b = c(
|
|
||||||
1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), letter_group___c = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L
|
|
||||||
), choice = structure(c(
|
|
||||||
3L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"", "choice1",
|
|
||||||
"choice2"
|
|
||||||
), class = "factor"), grouping_complete = c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L
|
|
||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
1L, 5L, 6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L,
|
|
||||||
20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L,
|
|
||||||
36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L
|
|
||||||
), class = "data.frame"),
|
|
||||||
sale = structure(list(
|
|
||||||
row = structure(c(
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 3L, 3L,
|
|
||||||
4L, 7L, 7L, 7L, 7L, 20L, 20L, 20L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin",
|
|
||||||
"Cadillac Fleetwood", "Camaro Z28", "Chrysler Imperial",
|
|
||||||
"Datsun 710", "Dodge Challenger", "Duster 360", "Ferrari Dino",
|
|
||||||
"Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L", "Honda Civic",
|
|
||||||
"Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
|
|
||||||
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
|
|
||||||
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
|
|
||||||
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
|
|
||||||
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
|
|
||||||
), class = "factor"), redcap_repeat_instrument = c(
|
|
||||||
"sale",
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instance = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
2L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L
|
|
||||||
), price = c(
|
|
||||||
12000.5,
|
|
||||||
13750.77, 15004.57, 7800, 8000, 7500, 8756.4, 6800.88, 8888.88,
|
|
||||||
970, 7800.98, 7954, 6800.55
|
|
||||||
), color = c(
|
|
||||||
1L, 3L, 2L, 2L, 3L,
|
|
||||||
1L, 4L, 2L, 1L, 4L, 2L, 1L, 3L
|
|
||||||
), customer = structure(c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
12L, 7L, 4L, 14L, 5L, 10L, 8L, 3L, 6L, 13L, 9L, 11L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"",
|
|
||||||
"Bob", "Erica", "Janice", "Jim", "Juan", "Kim", "Pablo",
|
|
||||||
"Quentin", "Sarah", "Sharon", "Sue", "Ted", "Tim"
|
|
||||||
), class = "factor"),
|
|
||||||
sale_complete = c(
|
|
||||||
0L, 2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 2L
|
|
||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L,
|
|
||||||
14L, 15L, 16L, 17L, 31L, 32L, 33L
|
|
||||||
), class = "data.frame")
|
|
||||||
)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
})
|
})
|
||||||
|
|
||||||
# Test that REDCap_split can handle a focused dataset
|
# Test that REDCap_split can handle a focused dataset
|
||||||
@ -208,345 +41,7 @@ if (requireNamespace("Hmisc", quietly = TRUE)) {
|
|||||||
redcap_output_csv2 <-
|
redcap_output_csv2 <-
|
||||||
REDCap_split(REDCap_process_csv(records), metadata)
|
REDCap_split(REDCap_process_csv(records), metadata)
|
||||||
|
|
||||||
# expect_known_hash(redcap_output_csv2, "578dc054e59ec92a21e950042e08ee37")
|
expect_known_hash(redcap_output_csv2, "578dc054e59ec92a21e950042e08ee37")
|
||||||
# dput(redcap_output_csv2)
|
|
||||||
expect_identical(
|
|
||||||
redcap_output_csv2,
|
|
||||||
list(structure(list(
|
|
||||||
row = structure(1:32, levels = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin",
|
|
||||||
"Cadillac Fleetwood", "Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710",
|
|
||||||
"Dodge Challenger", "Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128",
|
|
||||||
"Fiat X1-9", "Ford Pantera L", "Honda Civic", "Hornet 4 Drive",
|
|
||||||
"Hornet Sportabout", "Lincoln Continental", "Lotus Europa", "Maserati Bora",
|
|
||||||
"Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag", "Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280",
|
|
||||||
"Merc 280C", "Merc 450SE", "Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird",
|
|
||||||
"Porsche 914-2", "Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant",
|
|
||||||
"Volvo 142E"
|
|
||||||
), class = c("labelled", "factor"), label = "Name"),
|
|
||||||
mpg = structure(c(
|
|
||||||
15.2, 10.4, 13.3, 14.7, 22.8, 15.5, 14.3,
|
|
||||||
19.7, 32.4, 27.3, 15.8, 30.4, 21.4, 18.7, 10.4, 30.4, 15,
|
|
||||||
21, 21, 22.8, 24.4, 19.2, 17.8, 16.4, 17.3, 15.2, 19.2, 26,
|
|
||||||
33.9, 21.5, 18.1, 21.4
|
|
||||||
), label = "Miles/(US) gallon", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"numeric"
|
|
||||||
)), cyl = structure(c(
|
|
||||||
8L, 8L, 8L, 8L, 4L, 8L, 8L,
|
|
||||||
6L, 4L, 4L, 8L, 4L, 6L, 8L, 8L, 4L, 8L, 6L, 6L, 4L, 4L, 6L,
|
|
||||||
6L, 8L, 8L, 8L, 8L, 4L, 4L, 4L, 6L, 4L
|
|
||||||
), label = "Number of cylinders", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), disp = structure(c(
|
|
||||||
304, 472, 350, 440, 108,
|
|
||||||
318, 360, 145, 78.7, 79, 351, 75.7, 258, 360, 460, 95.1,
|
|
||||||
301, 160, 160, 140.8, 146.7, 167.6, 167.6, 275.8, 275.8,
|
|
||||||
275.8, 400, 120.3, 71.1, 120.1, 225, 121
|
|
||||||
), label = "Displacement", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"numeric"
|
|
||||||
)), hp = structure(c(
|
|
||||||
150L, 205L, 245L, 230L, 93L,
|
|
||||||
150L, 245L, 175L, 66L, 66L, 264L, 52L, 110L, 175L, 215L,
|
|
||||||
113L, 335L, 110L, 110L, 95L, 62L, 123L, 123L, 180L, 180L,
|
|
||||||
180L, 175L, 91L, 65L, 97L, 105L, 109L
|
|
||||||
), label = "Gross horsepower", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), drat = structure(c(
|
|
||||||
3.15, 2.93, 3.73, 3.23, 3.85,
|
|
||||||
2.76, 3.21, 3.62, 4.08, 4.08, 4.22, 4.93, 3.08, 3.15, 3,
|
|
||||||
3.77, 3.54, 3.9, 3.9, 3.92, 3.69, 3.92, 3.92, 3.07, 3.07,
|
|
||||||
3.07, 3.08, 4.43, 4.22, 3.7, 2.76, 4.11
|
|
||||||
), label = "Rear axle ratio", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"numeric"
|
|
||||||
)), wt = structure(c(
|
|
||||||
3.435, 5.25, 3.84, 5.345, 2.32,
|
|
||||||
3.52, 3.57, 2.77, 2.2, 1.935, 3.17, 1.615, 3.215, 3.44, 5.424,
|
|
||||||
1.513, 3.57, 2.62, 2.875, 3.15, 3.19, 3.44, 3.44, 4.07, 3.73,
|
|
||||||
3.78, 3.845, 2.14, 1.835, 2.465, 3.46, 2.78
|
|
||||||
), label = "Weight", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"numeric"
|
|
||||||
)), qsec = structure(c(
|
|
||||||
17.3, 17.98, 15.41, 17.42,
|
|
||||||
18.61, 16.87, 15.84, 15.5, 19.47, 18.9, 14.5, 18.52, 19.44,
|
|
||||||
17.02, 17.82, 16.9, 14.6, 16.46, 17.02, 22.9, 20, 18.3, 18.9,
|
|
||||||
17.4, 17.6, 18, 17.05, 16.7, 19.9, 20.01, 20.22, 18.6
|
|
||||||
), label = "1/4 mile time", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"numeric"
|
|
||||||
)), vs = structure(c(
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), label = "V engine?", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), am = structure(c(
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L
|
|
||||||
), label = "Transmission", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), gear = structure(c(
|
|
||||||
3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 3L, 3L,
|
|
||||||
5L, 4L, 4L, 5L, 4L, 3L, 3L, 3L, 5L, 5L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L,
|
|
||||||
4L, 3L, 3L, 3L, 3L, 5L, 4L, 3L, 3L, 4L
|
|
||||||
), label = "Number of forward gears", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), carb = structure(c(
|
|
||||||
2L, 4L, 4L, 4L, 1L, 2L, 4L,
|
|
||||||
6L, 1L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 8L, 4L, 4L, 2L, 2L, 4L,
|
|
||||||
4L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L
|
|
||||||
), label = "Number of carburetors", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), color_available___red = structure(c(
|
|
||||||
1L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Colors Available (choice<-Red)", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), color_available___green = structure(c(
|
|
||||||
1L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Colors Available (choice<-Green)", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), color_available___blue = structure(c(
|
|
||||||
1L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Colors Available (choice<-Blue)", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), color_available___black = structure(c(
|
|
||||||
0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Colors Available (choice<-Black)", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), motor_trend_cars_complete = structure(c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L
|
|
||||||
), label = "Complete?", class = c("labelled", "integer")), letter_group___a = structure(c(
|
|
||||||
1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Which group? (choice<-A)", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), letter_group___b = structure(c(
|
|
||||||
1L, 0L, 0L, 1L,
|
|
||||||
1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
|
|
||||||
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Which group? (choice<-B)", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), letter_group___c = structure(c(
|
|
||||||
0L, 0L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Which group? (choice<-C)", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), choice = structure(c(
|
|
||||||
3L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L,
|
|
||||||
2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"",
|
|
||||||
"choice1", "choice2"
|
|
||||||
), class = c("labelled", "factor"), label = "Choose one"),
|
|
||||||
grouping_complete = structure(c(
|
|
||||||
2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 1L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
|
|
||||||
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
|
|
||||||
), label = "Complete?", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), cyl.factor = structure(c(
|
|
||||||
6L, 6L, 6L, 6L, 2L,
|
|
||||||
6L, 6L, 4L, 2L, 2L, 6L, 2L, 4L, 6L, 6L, 2L, 6L, 4L, 4L, 2L,
|
|
||||||
2L, 4L, 4L, 6L, 6L, 6L, 6L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"3",
|
|
||||||
"4", "5", "6", "7", "8"
|
|
||||||
), class = "factor"), vs.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L,
|
|
||||||
2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L
|
|
||||||
), levels = c("Yes", "No"), class = "factor"), am.factor = structure(c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L,
|
|
||||||
2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L,
|
|
||||||
2L
|
|
||||||
), levels = c("Automatic", "Manual"), class = "factor"),
|
|
||||||
gear.factor = structure(c(
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 3L,
|
|
||||||
2L, 2L, 3L, 2L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 2L, 1L, 1L, 2L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"3", "4",
|
|
||||||
"5"
|
|
||||||
), class = "factor"), carb.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L, 4L,
|
|
||||||
4L, 4L, 1L, 2L, 4L, 6L, 1L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 8L,
|
|
||||||
4L, 4L, 2L, 2L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L
|
|
||||||
), levels = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8"), class = "factor"),
|
|
||||||
color_available___red.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"Unchecked",
|
|
||||||
"Checked"
|
|
||||||
), class = "factor"), color_available___green.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L
|
|
||||||
), levels = c("Unchecked", "Checked"), class = "factor"),
|
|
||||||
color_available___blue.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"Unchecked",
|
|
||||||
"Checked"
|
|
||||||
), class = "factor"), color_available___black.factor = structure(c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L
|
|
||||||
), levels = c("Unchecked", "Checked"), class = "factor"),
|
|
||||||
motor_trend_cars_complete.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"Incomplete",
|
|
||||||
"Unverified", "Complete"
|
|
||||||
), class = "factor"), letter_group___a.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L
|
|
||||||
), levels = c("Unchecked", "Checked"), class = "factor"),
|
|
||||||
letter_group___b.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L, 1L, 1L, 2L, 2L,
|
|
||||||
1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"Unchecked",
|
|
||||||
"Checked"
|
|
||||||
), class = "factor"), letter_group___c.factor = structure(c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L
|
|
||||||
), levels = c("Unchecked", "Checked"), class = "factor"),
|
|
||||||
choice.factor = structure(c(
|
|
||||||
2L, NA, 1L, 1L, NA, NA, 1L, NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 2L, NA, NA, NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"Choice 1",
|
|
||||||
"Choice 2"
|
|
||||||
), class = "factor"), grouping_complete.factor = structure(c(
|
|
||||||
3L,
|
|
||||||
1L, 3L, 3L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
|
|
||||||
1L
|
|
||||||
), levels = c("Incomplete", "Unverified", "Complete"), class = "factor")
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
5L, 6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L,
|
|
||||||
25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L,
|
|
||||||
41L, 42L, 43L, 44L, 45L
|
|
||||||
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
|
|
||||||
row = structure(c(
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 4L, 7L, 7L, 7L, 7L,
|
|
||||||
20L, 20L, 20L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
|
|
||||||
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
|
|
||||||
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
|
|
||||||
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
|
|
||||||
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
|
|
||||||
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
|
|
||||||
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
|
|
||||||
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
|
|
||||||
), class = c("labelled", "factor"), label = "Name"), redcap_repeat_instrument = c(
|
|
||||||
"sale",
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instance = structure(c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
2L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L
|
|
||||||
), label = "Repeat Instance", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), price = structure(c(
|
|
||||||
12000.5, 13750.77, 15004.57,
|
|
||||||
7800, 8000, 7500, 8756.4, 6800.88, 8888.88, 970, 7800.98,
|
|
||||||
7954, 6800.55
|
|
||||||
), label = "Sale price", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"numeric"
|
|
||||||
)), color = structure(c(
|
|
||||||
1L, 3L, 2L, 2L, 3L, 1L,
|
|
||||||
4L, 2L, 1L, 4L, 2L, 1L, 3L
|
|
||||||
), label = "Color", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), customer = structure(c(
|
|
||||||
2L, 12L, 7L, 4L, 14L,
|
|
||||||
5L, 10L, 8L, 3L, 6L, 13L, 9L, 11L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"", "Bob",
|
|
||||||
"Erica", "Janice", "Jim", "Juan", "Kim", "Pablo", "Quentin",
|
|
||||||
"Sarah", "Sharon", "Sue", "Ted", "Tim"
|
|
||||||
), class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"factor"
|
|
||||||
), label = "Customer Name"), sale_complete = structure(c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L
|
|
||||||
), label = "Complete?", class = c(
|
|
||||||
"labelled",
|
|
||||||
"integer"
|
|
||||||
)), redcap_repeat_instrument.factor = structure(c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L
|
|
||||||
), levels = "Sale", class = "factor"),
|
|
||||||
color.factor = structure(c(
|
|
||||||
1L, 3L, 2L, 2L, 3L, 1L, 4L, 2L,
|
|
||||||
1L, 4L, 2L, 1L, 3L
|
|
||||||
), levels = c("red", "green", "blue", "black"), class = "factor"), sale_complete.factor = structure(c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L
|
|
||||||
), levels = c(
|
|
||||||
"Incomplete",
|
|
||||||
"Unverified", "Complete"
|
|
||||||
), class = "factor")
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L, 17L, 31L, 32L, 33L
|
|
||||||
), class = "data.frame"))
|
|
||||||
)
|
|
||||||
})
|
})
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -5,8 +5,7 @@ test_that("CSV export matches reference", {
|
|||||||
c(
|
c(
|
||||||
records = "WARRIORtestForSoftwa_DATA_2018-06-21_1431.csv",
|
records = "WARRIORtestForSoftwa_DATA_2018-06-21_1431.csv",
|
||||||
metadata = "WARRIORtestForSoftwareUpgrades_DataDictionary_2018-06-21.csv"
|
metadata = "WARRIORtestForSoftwareUpgrades_DataDictionary_2018-06-21.csv"
|
||||||
), get_data_location,
|
), get_data_location, FUN.VALUE = "character"
|
||||||
FUN.VALUE = "character"
|
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
redcap <- lapply(file_paths, read.csv, stringsAsFactors = FALSE)
|
redcap <- lapply(file_paths, read.csv, stringsAsFactors = FALSE)
|
||||||
@ -14,182 +13,5 @@ test_that("CSV export matches reference", {
|
|||||||
redcap_output <- with(redcap, REDCap_split(records, metadata))
|
redcap_output <- with(redcap, REDCap_split(records, metadata))
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
# expect_known_hash(redcap_output, "0934bcb292")
|
expect_known_hash(redcap_output, "0934bcb292")
|
||||||
expect_identical(redcap_output
|
|
||||||
,
|
|
||||||
list(
|
|
||||||
structure(list(record_id = c(
|
|
||||||
"806-1", "806-1", "806-2",
|
|
||||||
"806-2"
|
|
||||||
), redcap_event_name = c(
|
|
||||||
"baseline_arm_1", "followup_month_3_arm_1",
|
|
||||||
"baseline_arm_1", "followup_month_3_arm_1"
|
|
||||||
), redcap_data_access_group = c(
|
|
||||||
"uf_test",
|
|
||||||
"uf_test", "uf_test", "uf_test"
|
|
||||||
), redcap_survey_identifier = c(
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), signed_consent_1 = c(
|
|
||||||
"[document]", "", "[document]",
|
|
||||||
""
|
|
||||||
), signed_consent_2 = c(NA, NA, NA, NA), signed_consent_3 = c(
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), signed_addendum1 = c(
|
|
||||||
"[document]", "", "[document]",
|
|
||||||
""
|
|
||||||
), signed_addendum2 = c(NA, NA, NA, NA), signed_addendum3 = c(
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), upload_of_signed_icfs_complete = c(2L, NA, 2L, NA), demo_date = c("2018-05-08", "", "2018-05-08", ""), demo_name_first = c(
|
|
||||||
"Philip",
|
|
||||||
"", "afadgs", ""
|
|
||||||
), demo_name_init = c("B", "", "afd", ""), demo_name_last = c(
|
|
||||||
"Chase",
|
|
||||||
"", "afdsgfd", ""
|
|
||||||
), demo_date_birth = c(
|
|
||||||
"1964-04-09", "", "1977-06-26",
|
|
||||||
""
|
|
||||||
), demo_street_ad = c("5959 NW 13th Ave", "", "24325543", ""), demo_city_ad = c("Gainesville", "", "2352453", ""), demo_state_ad = c(
|
|
||||||
"FL",
|
|
||||||
"", "fwef", ""
|
|
||||||
), demo_zip = c(32605L, NA, 32601L, NA), demo_daytime = c(
|
|
||||||
"(352) 555-0760",
|
|
||||||
"", "(352) 294-5299", ""
|
|
||||||
), demo_email = c(
|
|
||||||
"bobsyouruncle@example.org",
|
|
||||||
"", "", ""
|
|
||||||
), demo_ethnic = c(2L, NA, 2L, NA), demo_racial = c(
|
|
||||||
5L,
|
|
||||||
NA, 89L, NA
|
|
||||||
), demo_racial_oth = c(NA, NA, NA, NA), demo_military_mrn = c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), demo_ssn = c("111-22-3333", "", "123-45-6789", ""), demographics_complete = c(2L, NA, 2L, NA), elig_icf = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
NA, 1L, NA
|
|
||||||
), elig_ischem = c(1L, NA, 1L, NA), elig_signs___1 = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_signs___2 = c(0L, NA, 1L, NA), elig_signs___3 = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_signs___4 = c(0L, NA, 0L, NA), elig_card_cath = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_card_cath_details = c(1L, NA, NA, NA), elig_cath_disease_severity = c(
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), elig_cath_vessel = c(NA, NA, NA, NA), elig_ejection_fraction = c(
|
|
||||||
60L,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), elig_cath_ffr = c(1L, NA, NA, NA), elig_ccta = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_card_cath_details_2 = c(1L, NA, NA, NA), elig_cath_disease_severity_2 = c(
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), elig_ejection_fraction_2 = c(60L, NA, NA, NA), elig_cta_score = c(
|
|
||||||
24L,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), elig_nocom_med = c(0L, NA, 0L, NA), elig_ischemia_dilated = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_doc_acs = c(0L, NA, 0L, NA), elig_lvef = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_nyha_class = c(0L, NA, 0L, NA), elig_hos_hfref = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_stroke = c(0L, NA, 0L, NA), elig_carnial_hemo = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_renal = c(0L, NA, 0L, NA), elig_valvular = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_life_expect = c(0L, NA, 0L, NA), elig_enroll_clinic = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_intol_ace = c(0L, NA, 0L, NA), elig_intol_arb = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_intol_statin = c(0L, NA, 0L, NA), elig_intol_pcsk = c(
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), elig_preg = c(0L, NA, 0L, NA), elig_liver_dis = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_hist_rhab = c(0L, NA, 0L, NA), elig_high_dose = c(
|
|
||||||
0L,
|
|
||||||
NA, 0L, NA
|
|
||||||
), elig_study_yes = c(1L, NA, 1L, NA), elig_date = c(
|
|
||||||
"2018-05-08",
|
|
||||||
"", "2018-05-08", ""
|
|
||||||
), elig_study_no = c(NA, NA, NA, NA), eligibility_complete = c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
NA, 2L, NA
|
|
||||||
)), row.names = c(1L, 2L, 7L, 8L), class = "data.frame"),
|
|
||||||
informed_consent = structure(list(record_id = c(
|
|
||||||
"806-1",
|
|
||||||
"806-2"
|
|
||||||
), redcap_event_name = c("baseline_arm_1", "baseline_arm_1"), redcap_repeat_instrument = c("informed_consent", "informed_consent"), redcap_repeat_instance = c(1L, 1L), redcap_data_access_group = c(
|
|
||||||
"uf_test",
|
|
||||||
"uf_test"
|
|
||||||
), redcap_survey_identifier = c(NA, NA)), row.names = c(
|
|
||||||
3L,
|
|
||||||
9L
|
|
||||||
), class = "data.frame"), informed_consent_and_addendum = structure(list(
|
|
||||||
record_id = c("806-1", "806-1", "806-1", "806-2"), redcap_event_name = c(
|
|
||||||
"baseline_arm_1",
|
|
||||||
"baseline_arm_1", "baseline_arm_1", "baseline_arm_1"
|
|
||||||
),
|
|
||||||
redcap_repeat_instrument = c(
|
|
||||||
"informed_consent_and_addendum",
|
|
||||||
"informed_consent_and_addendum", "informed_consent_and_addendum",
|
|
||||||
"informed_consent_and_addendum"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instance = c(
|
|
||||||
1L,
|
|
||||||
2L, 3L, 1L
|
|
||||||
), redcap_data_access_group = c(
|
|
||||||
"uf_test",
|
|
||||||
"uf_test", "uf_test", "uf_test"
|
|
||||||
), redcap_survey_identifier = c(
|
|
||||||
NA,
|
|
||||||
NA, NA, NA
|
|
||||||
), informed_consent_and_addendum_timestamp = c(
|
|
||||||
"2018-05-08 21:15:12",
|
|
||||||
"", "", "2018-05-08 21:02:39"
|
|
||||||
), icf_first_name = c(
|
|
||||||
"Philip",
|
|
||||||
"Bobs", "Bobs", "test"
|
|
||||||
), icf_last_name = c(
|
|
||||||
"Chase", "Youruncle",
|
|
||||||
"Youruncle", "test"
|
|
||||||
), icf_date = c(
|
|
||||||
"2018-05-08", "2018-06-21",
|
|
||||||
"2018-06-21", "2018-05-08"
|
|
||||||
), icf_sign = c(
|
|
||||||
"[document]",
|
|
||||||
"[document]", "[document]", "[document]"
|
|
||||||
), icf_consenter_name = c(
|
|
||||||
"Philip B Chase",
|
|
||||||
"Yo Mama", "zsdf", "taryn"
|
|
||||||
), icf_consentee_info = c(
|
|
||||||
"UF",
|
|
||||||
"Anywhere she wants", "DF", "stoffs"
|
|
||||||
), icf_consentee_sign = c(
|
|
||||||
"[document]",
|
|
||||||
"[document]", "[document]", "[document]"
|
|
||||||
), icf_consentee_date = c(
|
|
||||||
"2018-05-08",
|
|
||||||
"2018-06-21", "2018-06-21", "2018-05-08"
|
|
||||||
), informed_consent_and_addendum_complete = c(
|
|
||||||
2L,
|
|
||||||
2L, 2L, 2L
|
|
||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(4L, 5L, 6L, 10L), class = "data.frame")
|
|
||||||
)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
|
|
||||||
})
|
})
|
||||||
|
|||||||
@ -8,360 +8,23 @@ metadata <-
|
|||||||
records <-
|
records <-
|
||||||
jsonlite::fromJSON(get_data_location("ExampleProject_records.json"))
|
jsonlite::fromJSON(get_data_location("ExampleProject_records.json"))
|
||||||
|
|
||||||
# ref_hash <- "2c8b6531597182af1248f92124161e0c"
|
ref_hash <- "2c8b6531597182af1248f92124161e0c"
|
||||||
|
|
||||||
# Tests -------------------------------------------------------------------
|
# Tests -------------------------------------------------------------------
|
||||||
test_that("Will not use a repeating instrument name for primary table", {
|
test_that("Will not use a repeating instrument name for primary table", {
|
||||||
# local_edition(3)
|
|
||||||
#
|
|
||||||
|
|
||||||
expect_warning(
|
|
||||||
REDCap_split(records, metadata, "sale"),
|
|
||||||
"primary table"
|
|
||||||
)
|
|
||||||
|
|
||||||
redcap_output_json1 <-
|
redcap_output_json1 <-
|
||||||
suppressWarnings(REDCap_split(records, metadata, "sale"))
|
expect_warning(REDCap_split(records, metadata, "sale"),
|
||||||
|
"primary table")
|
||||||
|
|
||||||
# dput(redcap_output_json1)
|
expect_known_hash(redcap_output_json1, ref_hash)
|
||||||
expect_identical(
|
|
||||||
redcap_output_json1,
|
|
||||||
list(structure(list(
|
|
||||||
row = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
|
|
||||||
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
|
|
||||||
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
|
|
||||||
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
|
|
||||||
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
|
|
||||||
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
|
|
||||||
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
|
|
||||||
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
|
|
||||||
),
|
|
||||||
mpg = c(
|
|
||||||
"15.2", "10.4", "13.3", "14.7", "22.8", "15.5", "14.3",
|
|
||||||
"19.7", "32.4", "27.3", "15.8", "30.4", "21.4", "18.7", "10.4",
|
|
||||||
"30.4", "15", "21", "21", "22.8", "24.4", "19.2", "17.8",
|
|
||||||
"16.4", "17.3", "15.2", "19.2", "26", "33.9", "21.5", "18.1",
|
|
||||||
"21.4"
|
|
||||||
), cyl = c(
|
|
||||||
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "8", "6",
|
|
||||||
"4", "4", "8", "4", "6", "8", "8", "4", "8", "6", "6", "4",
|
|
||||||
"4", "6", "6", "8", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "6", "4"
|
|
||||||
), disp = c(
|
|
||||||
"304", "472", "350", "440", "108", "318", "360",
|
|
||||||
"145", "78.7", "79", "351", "75.7", "258", "360", "460",
|
|
||||||
"95.1", "301", "160", "160", "140.8", "146.7", "167.6", "167.6",
|
|
||||||
"275.8", "275.8", "275.8", "400", "120.3", "71.1", "120.1",
|
|
||||||
"225", "121"
|
|
||||||
), hp = c(
|
|
||||||
"150", "205", "245", "230", "93", "150",
|
|
||||||
"245", "175", "66", "66", "264", "52", "110", "175", "215",
|
|
||||||
"113", "335", "110", "110", "95", "62", "123", "123", "180",
|
|
||||||
"180", "180", "175", "91", "65", "97", "105", "109"
|
|
||||||
), drat = c(
|
|
||||||
"3.15",
|
|
||||||
"2.93", "3.73", "3.23", "3.85", "2.76", "3.21", "3.62", "4.08",
|
|
||||||
"4.08", "4.22", "4.93", "3.08", "3.15", "3", "3.77", "3.54",
|
|
||||||
"3.9", "3.9", "3.92", "3.69", "3.92", "3.92", "3.07", "3.07",
|
|
||||||
"3.07", "3.08", "4.43", "4.22", "3.7", "2.76", "4.11"
|
|
||||||
), wt = c(
|
|
||||||
"3.435",
|
|
||||||
"5.25", "3.84", "5.345", "2.32", "3.52", "3.57", "2.77",
|
|
||||||
"2.2", "1.935", "3.17", "1.615", "3.215", "3.44", "5.424",
|
|
||||||
"1.513", "3.57", "2.62", "2.875", "3.15", "3.19", "3.44",
|
|
||||||
"3.44", "4.07", "3.73", "3.78", "3.845", "2.14", "1.835",
|
|
||||||
"2.465", "3.46", "2.78"
|
|
||||||
), qsec = c(
|
|
||||||
"17.3", "17.98", "15.41",
|
|
||||||
"17.42", "18.61", "16.87", "15.84", "15.5", "19.47", "18.9",
|
|
||||||
"14.5", "18.52", "19.44", "17.02", "17.82", "16.9", "14.6",
|
|
||||||
"16.46", "17.02", "22.9", "20", "18.3", "18.9", "17.4", "17.6",
|
|
||||||
"18", "17.05", "16.7", "19.9", "20.01", "20.22", "18.6"
|
|
||||||
),
|
|
||||||
vs = c(
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1",
|
|
||||||
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
|
|
||||||
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1"
|
|
||||||
), am = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1"
|
|
||||||
), gear = c(
|
|
||||||
"3", "3", "3",
|
|
||||||
"3", "4", "3", "3", "5", "4", "4", "5", "4", "3", "3", "3",
|
|
||||||
"5", "5", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "3", "3", "3", "3",
|
|
||||||
"5", "4", "3", "3", "4"
|
|
||||||
), carb = c(
|
|
||||||
"2", "4", "4", "4", "1",
|
|
||||||
"2", "4", "6", "1", "1", "4", "2", "1", "2", "4", "2", "8",
|
|
||||||
"4", "4", "2", "2", "4", "4", "3", "3", "3", "2", "2", "1",
|
|
||||||
"1", "1", "2"
|
|
||||||
), color_available___red = c(
|
|
||||||
"1", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___green = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___blue = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___black = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), motor_trend_cars_complete = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___a = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___b = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___c = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), choice = c(
|
|
||||||
"choice2",
|
|
||||||
"", "choice1", "choice1", "", "", "choice1", "", "", "",
|
|
||||||
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "choice2", "", "", "",
|
|
||||||
"", "", "", "", "", "", "", "", ""
|
|
||||||
), grouping_complete = c(
|
|
||||||
"2",
|
|
||||||
"0", "2", "2", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
1L, 5L,
|
|
||||||
6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
|
|
||||||
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L,
|
|
||||||
42L, 43L, 44L, 45L
|
|
||||||
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
|
|
||||||
row = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin", "AMC Javelin", "AMC Javelin", "Camaro Z28",
|
|
||||||
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Duster 360", "Duster 360",
|
|
||||||
"Duster 360", "Duster 360", "Merc 230", "Merc 230", "Merc 230"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instrument = c(
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instance = c(
|
|
||||||
"1", "2", "3", "1", "2",
|
|
||||||
"1", "1", "2", "3", "4", "1", "2", "3"
|
|
||||||
), price = c(
|
|
||||||
"12000.50",
|
|
||||||
"13750.77", "15004.57", "7800.00", "8000.00", "7500.00",
|
|
||||||
"8756.40", "6800.88", "8888.88", "970.00", "7800.98", "7954.00",
|
|
||||||
"6800.55"
|
|
||||||
), color = c(
|
|
||||||
"1", "3", "2", "2", "3", "1", "4",
|
|
||||||
"2", "1", "4", "2", "1", "3"
|
|
||||||
), customer = c(
|
|
||||||
"Bob", "Sue",
|
|
||||||
"Kim", "Janice", "Tim", "Jim", "Sarah", "Pablo", "Erica",
|
|
||||||
"Juan", "Ted", "Quentin", "Sharon"
|
|
||||||
), sale_complete = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"2", "0", "2", "0", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "2"
|
|
||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L,
|
|
||||||
17L, 31L, 32L, 33L
|
|
||||||
), class = "data.frame"))
|
|
||||||
)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
# expect_snapshot(redcap_output_json1)
|
|
||||||
|
|
||||||
# expect_known_hash(redcap_output_json1, ref_hash)
|
|
||||||
})
|
})
|
||||||
|
|
||||||
test_that("Names are set correctly and output is identical", {
|
test_that("Names are set correctly and output is identical", {
|
||||||
# local_edition(3)
|
|
||||||
redcap_output_json2 <- REDCap_split(records, metadata, "main")
|
redcap_output_json2 <- REDCap_split(records, metadata, "main")
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
expect_identical(names(redcap_output_json2), c("main", "sale"))
|
expect_identical(names(redcap_output_json2), c("main", "sale"))
|
||||||
# expect_known_hash(setNames(redcap_output_json2, c("", "sale")), ref_hash)
|
expect_known_hash(setNames(redcap_output_json2, c("", "sale")), ref_hash)
|
||||||
|
|
||||||
# dput(redcap_output_json2)
|
|
||||||
expect_identical(
|
|
||||||
redcap_output_json2,
|
|
||||||
list(main = structure(list(
|
|
||||||
row = c(
|
|
||||||
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
|
|
||||||
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
|
|
||||||
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
|
|
||||||
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
|
|
||||||
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
|
|
||||||
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
|
|
||||||
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
|
|
||||||
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
|
|
||||||
),
|
|
||||||
mpg = c(
|
|
||||||
"15.2", "10.4", "13.3", "14.7", "22.8", "15.5", "14.3",
|
|
||||||
"19.7", "32.4", "27.3", "15.8", "30.4", "21.4", "18.7", "10.4",
|
|
||||||
"30.4", "15", "21", "21", "22.8", "24.4", "19.2", "17.8",
|
|
||||||
"16.4", "17.3", "15.2", "19.2", "26", "33.9", "21.5", "18.1",
|
|
||||||
"21.4"
|
|
||||||
), cyl = c(
|
|
||||||
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "8", "6",
|
|
||||||
"4", "4", "8", "4", "6", "8", "8", "4", "8", "6", "6", "4",
|
|
||||||
"4", "6", "6", "8", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "6", "4"
|
|
||||||
), disp = c(
|
|
||||||
"304", "472", "350", "440", "108", "318", "360",
|
|
||||||
"145", "78.7", "79", "351", "75.7", "258", "360", "460",
|
|
||||||
"95.1", "301", "160", "160", "140.8", "146.7", "167.6", "167.6",
|
|
||||||
"275.8", "275.8", "275.8", "400", "120.3", "71.1", "120.1",
|
|
||||||
"225", "121"
|
|
||||||
), hp = c(
|
|
||||||
"150", "205", "245", "230", "93", "150",
|
|
||||||
"245", "175", "66", "66", "264", "52", "110", "175", "215",
|
|
||||||
"113", "335", "110", "110", "95", "62", "123", "123", "180",
|
|
||||||
"180", "180", "175", "91", "65", "97", "105", "109"
|
|
||||||
), drat = c(
|
|
||||||
"3.15",
|
|
||||||
"2.93", "3.73", "3.23", "3.85", "2.76", "3.21", "3.62", "4.08",
|
|
||||||
"4.08", "4.22", "4.93", "3.08", "3.15", "3", "3.77", "3.54",
|
|
||||||
"3.9", "3.9", "3.92", "3.69", "3.92", "3.92", "3.07", "3.07",
|
|
||||||
"3.07", "3.08", "4.43", "4.22", "3.7", "2.76", "4.11"
|
|
||||||
), wt = c(
|
|
||||||
"3.435",
|
|
||||||
"5.25", "3.84", "5.345", "2.32", "3.52", "3.57", "2.77",
|
|
||||||
"2.2", "1.935", "3.17", "1.615", "3.215", "3.44", "5.424",
|
|
||||||
"1.513", "3.57", "2.62", "2.875", "3.15", "3.19", "3.44",
|
|
||||||
"3.44", "4.07", "3.73", "3.78", "3.845", "2.14", "1.835",
|
|
||||||
"2.465", "3.46", "2.78"
|
|
||||||
), qsec = c(
|
|
||||||
"17.3", "17.98", "15.41",
|
|
||||||
"17.42", "18.61", "16.87", "15.84", "15.5", "19.47", "18.9",
|
|
||||||
"14.5", "18.52", "19.44", "17.02", "17.82", "16.9", "14.6",
|
|
||||||
"16.46", "17.02", "22.9", "20", "18.3", "18.9", "17.4", "17.6",
|
|
||||||
"18", "17.05", "16.7", "19.9", "20.01", "20.22", "18.6"
|
|
||||||
),
|
|
||||||
vs = c(
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1",
|
|
||||||
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
|
|
||||||
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1"
|
|
||||||
), am = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1"
|
|
||||||
), gear = c(
|
|
||||||
"3", "3", "3",
|
|
||||||
"3", "4", "3", "3", "5", "4", "4", "5", "4", "3", "3", "3",
|
|
||||||
"5", "5", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "3", "3", "3", "3",
|
|
||||||
"5", "4", "3", "3", "4"
|
|
||||||
), carb = c(
|
|
||||||
"2", "4", "4", "4", "1",
|
|
||||||
"2", "4", "6", "1", "1", "4", "2", "1", "2", "4", "2", "8",
|
|
||||||
"4", "4", "2", "2", "4", "4", "3", "3", "3", "2", "2", "1",
|
|
||||||
"1", "1", "2"
|
|
||||||
), color_available___red = c(
|
|
||||||
"1", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___green = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___blue = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), color_available___black = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), motor_trend_cars_complete = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___a = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___b = c(
|
|
||||||
"1",
|
|
||||||
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), letter_group___c = c(
|
|
||||||
"0",
|
|
||||||
"0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
|
||||||
), choice = c(
|
|
||||||
"choice2",
|
|
||||||
"", "choice1", "choice1", "", "", "choice1", "", "", "",
|
|
||||||
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "choice2", "", "", "",
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||||||
"", "", "", "", "", "", "", "", ""
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||||||
), grouping_complete = c(
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||||||
"2",
|
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||||||
"0", "2", "2", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
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||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
|
|
||||||
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
|
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||||||
)
|
|
||||||
), row.names = c(
|
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||||||
1L, 5L,
|
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||||||
6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
|
|
||||||
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L,
|
|
||||||
42L, 43L, 44L, 45L
|
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||||||
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
|
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||||||
row = c(
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||||||
"AMC Javelin", "AMC Javelin", "AMC Javelin", "Camaro Z28",
|
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||||||
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Duster 360", "Duster 360",
|
|
||||||
"Duster 360", "Duster 360", "Merc 230", "Merc 230", "Merc 230"
|
|
||||||
), redcap_repeat_instrument = c(
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
|
|
||||||
"sale"
|
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||||||
), redcap_repeat_instance = c(
|
|
||||||
"1", "2", "3", "1", "2",
|
|
||||||
"1", "1", "2", "3", "4", "1", "2", "3"
|
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||||||
), price = c(
|
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||||||
"12000.50",
|
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||||||
"13750.77", "15004.57", "7800.00", "8000.00", "7500.00",
|
|
||||||
"8756.40", "6800.88", "8888.88", "970.00", "7800.98", "7954.00",
|
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||||||
"6800.55"
|
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||||||
), color = c(
|
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||||||
"1", "3", "2", "2", "3", "1", "4",
|
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||||||
"2", "1", "4", "2", "1", "3"
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||||||
), customer = c(
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||||||
"Bob", "Sue",
|
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||||||
"Kim", "Janice", "Tim", "Jim", "Sarah", "Pablo", "Erica",
|
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||||||
"Juan", "Ted", "Quentin", "Sharon"
|
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||||||
), sale_complete = c(
|
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||||||
"0",
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||||||
"2", "0", "2", "0", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "2"
|
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||||||
)
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||||||
), row.names = c(
|
|
||||||
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L,
|
|
||||||
17L, 31L, 32L, 33L
|
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||||||
), class = "data.frame"))
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||||||
)
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})
|
})
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||||||
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