andreas/REDCapCAST
1
0
Fork 0
mirror of https://github.com/agdamsbo/REDCapCAST.git synced 2024-11-22 21:40:23 +01:00
Code Issues Packages Projects Releases Wiki Activity
a84c528815
REDCapCAST/tests/testthat/test-primary-table-name.R

368 lines
15 KiB
R
Raw Normal View History

working to submit to cran
2023-01-16 09:49:17 +01:00
## "Primary table name processing"
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
# Global variables -------------------------------------------------------
gp with CRAN in sight
2023-04-13 10:57:04 +02:00
metadata <-
jsonlite::fromJSON(get_data_location("ExampleProject_metadata.json"))
working to submit to cran
2023-01-16 09:49:17 +01:00
gp with CRAN in sight
2023-04-13 10:57:04 +02:00
records <-
jsonlite::fromJSON(get_data_location("ExampleProject_records.json"))
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
# ref_hash <- "2c8b6531597182af1248f92124161e0c"
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
# Tests -------------------------------------------------------------------
test_that("Will not use a repeating instrument name for primary table", {
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
# local_edition(3)
#
expect_warning(
REDCap_split(records, metadata, "sale"),
"primary table"
)
gp with CRAN in sight
2023-04-13 10:57:04 +02:00
redcap_output_json1 <-
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
suppressWarnings(REDCap_split(records, metadata, "sale"))
# dput(redcap_output_json1)
expect_identical(
redcap_output_json1,
list(structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
),
mpg = c(
"15.2", "10.4", "13.3", "14.7", "22.8", "15.5", "14.3",
"19.7", "32.4", "27.3", "15.8", "30.4", "21.4", "18.7", "10.4",
"30.4", "15", "21", "21", "22.8", "24.4", "19.2", "17.8",
"16.4", "17.3", "15.2", "19.2", "26", "33.9", "21.5", "18.1",
"21.4"
), cyl = c(
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "8", "6",
"4", "4", "8", "4", "6", "8", "8", "4", "8", "6", "6", "4",
"4", "6", "6", "8", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "6", "4"
), disp = c(
"304", "472", "350", "440", "108", "318", "360",
"145", "78.7", "79", "351", "75.7", "258", "360", "460",
"95.1", "301", "160", "160", "140.8", "146.7", "167.6", "167.6",
"275.8", "275.8", "275.8", "400", "120.3", "71.1", "120.1",
"225", "121"
), hp = c(
"150", "205", "245", "230", "93", "150",
"245", "175", "66", "66", "264", "52", "110", "175", "215",
"113", "335", "110", "110", "95", "62", "123", "123", "180",
"180", "180", "175", "91", "65", "97", "105", "109"
), drat = c(
"3.15",
"2.93", "3.73", "3.23", "3.85", "2.76", "3.21", "3.62", "4.08",
"4.08", "4.22", "4.93", "3.08", "3.15", "3", "3.77", "3.54",
"3.9", "3.9", "3.92", "3.69", "3.92", "3.92", "3.07", "3.07",
"3.07", "3.08", "4.43", "4.22", "3.7", "2.76", "4.11"
), wt = c(
"3.435",
"5.25", "3.84", "5.345", "2.32", "3.52", "3.57", "2.77",
"2.2", "1.935", "3.17", "1.615", "3.215", "3.44", "5.424",
"1.513", "3.57", "2.62", "2.875", "3.15", "3.19", "3.44",
"3.44", "4.07", "3.73", "3.78", "3.845", "2.14", "1.835",
"2.465", "3.46", "2.78"
), qsec = c(
"17.3", "17.98", "15.41",
"17.42", "18.61", "16.87", "15.84", "15.5", "19.47", "18.9",
"14.5", "18.52", "19.44", "17.02", "17.82", "16.9", "14.6",
"16.46", "17.02", "22.9", "20", "18.3", "18.9", "17.4", "17.6",
"18", "17.05", "16.7", "19.9", "20.01", "20.22", "18.6"
),
vs = c(
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1",
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1"
), am = c(
"0",
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0",
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1"
), gear = c(
"3", "3", "3",
"3", "4", "3", "3", "5", "4", "4", "5", "4", "3", "3", "3",
"5", "5", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "3", "3", "3", "3",
"5", "4", "3", "3", "4"
), carb = c(
"2", "4", "4", "4", "1",
"2", "4", "6", "1", "1", "4", "2", "1", "2", "4", "2", "8",
"4", "4", "2", "2", "4", "4", "3", "3", "3", "2", "2", "1",
"1", "1", "2"
), color_available___red = c(
"1", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___green = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___blue = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___black = c(
"0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), motor_trend_cars_complete = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___a = c(
"1",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___b = c(
"1",
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___c = c(
"0",
"0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), choice = c(
"choice2",
"", "choice1", "choice1", "", "", "choice1", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "choice2", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", ""
), grouping_complete = c(
"2",
"0", "2", "2", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
)
), row.names = c(
1L, 5L,
6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L,
42L, 43L, 44L, 45L
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "AMC Javelin", "AMC Javelin", "Camaro Z28",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Duster 360", "Duster 360",
"Duster 360", "Duster 360", "Merc 230", "Merc 230", "Merc 230"
), redcap_repeat_instrument = c(
"sale", "sale", "sale", "sale",
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
"sale"
), redcap_repeat_instance = c(
"1", "2", "3", "1", "2",
"1", "1", "2", "3", "4", "1", "2", "3"
), price = c(
"12000.50",
"13750.77", "15004.57", "7800.00", "8000.00", "7500.00",
"8756.40", "6800.88", "8888.88", "970.00", "7800.98", "7954.00",
"6800.55"
), color = c(
"1", "3", "2", "2", "3", "1", "4",
"2", "1", "4", "2", "1", "3"
), customer = c(
"Bob", "Sue",
"Kim", "Janice", "Tim", "Jim", "Sarah", "Pablo", "Erica",
"Juan", "Ted", "Quentin", "Sharon"
), sale_complete = c(
"0",
"2", "0", "2", "0", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "2"
)
), row.names = c(
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L,
17L, 31L, 32L, 33L
), class = "data.frame"))
)
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
# expect_snapshot(redcap_output_json1)
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
# expect_known_hash(redcap_output_json1, ref_hash)
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
})
test_that("Names are set correctly and output is identical", {
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
# local_edition(3)
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
redcap_output_json2 <- REDCap_split(records, metadata, "main")
expect_identical(names(redcap_output_json2), c("main", "sale"))
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
# expect_known_hash(setNames(redcap_output_json2, c("", "sale")), ref_hash)
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
removed hash matching from tests to try to handle test errors on different systems
2024-09-05 15:38:38 +02:00
# dput(redcap_output_json2)
expect_identical(
redcap_output_json2,
list(main = structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "Cadillac Fleetwood",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Datsun 710", "Dodge Challenger",
"Duster 360", "Ferrari Dino", "Fiat 128", "Fiat X1-9", "Ford Pantera L",
"Honda Civic", "Hornet 4 Drive", "Hornet Sportabout", "Lincoln Continental",
"Lotus Europa", "Maserati Bora", "Mazda RX4", "Mazda RX4 Wag",
"Merc 230", "Merc 240D", "Merc 280", "Merc 280C", "Merc 450SE",
"Merc 450SL", "Merc 450SLC", "Pontiac Firebird", "Porsche 914-2",
"Toyota Corolla", "Toyota Corona", "Valiant", "Volvo 142E"
),
mpg = c(
"15.2", "10.4", "13.3", "14.7", "22.8", "15.5", "14.3",
"19.7", "32.4", "27.3", "15.8", "30.4", "21.4", "18.7", "10.4",
"30.4", "15", "21", "21", "22.8", "24.4", "19.2", "17.8",
"16.4", "17.3", "15.2", "19.2", "26", "33.9", "21.5", "18.1",
"21.4"
), cyl = c(
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "8", "6",
"4", "4", "8", "4", "6", "8", "8", "4", "8", "6", "6", "4",
"4", "6", "6", "8", "8", "8", "8", "4", "4", "4", "6", "4"
), disp = c(
"304", "472", "350", "440", "108", "318", "360",
"145", "78.7", "79", "351", "75.7", "258", "360", "460",
"95.1", "301", "160", "160", "140.8", "146.7", "167.6", "167.6",
"275.8", "275.8", "275.8", "400", "120.3", "71.1", "120.1",
"225", "121"
), hp = c(
"150", "205", "245", "230", "93", "150",
"245", "175", "66", "66", "264", "52", "110", "175", "215",
"113", "335", "110", "110", "95", "62", "123", "123", "180",
"180", "180", "175", "91", "65", "97", "105", "109"
), drat = c(
"3.15",
"2.93", "3.73", "3.23", "3.85", "2.76", "3.21", "3.62", "4.08",
"4.08", "4.22", "4.93", "3.08", "3.15", "3", "3.77", "3.54",
"3.9", "3.9", "3.92", "3.69", "3.92", "3.92", "3.07", "3.07",
"3.07", "3.08", "4.43", "4.22", "3.7", "2.76", "4.11"
), wt = c(
"3.435",
"5.25", "3.84", "5.345", "2.32", "3.52", "3.57", "2.77",
"2.2", "1.935", "3.17", "1.615", "3.215", "3.44", "5.424",
"1.513", "3.57", "2.62", "2.875", "3.15", "3.19", "3.44",
"3.44", "4.07", "3.73", "3.78", "3.845", "2.14", "1.835",
"2.465", "3.46", "2.78"
), qsec = c(
"17.3", "17.98", "15.41",
"17.42", "18.61", "16.87", "15.84", "15.5", "19.47", "18.9",
"14.5", "18.52", "19.44", "17.02", "17.82", "16.9", "14.6",
"16.46", "17.02", "22.9", "20", "18.3", "18.9", "17.4", "17.6",
"18", "17.05", "16.7", "19.9", "20.01", "20.22", "18.6"
),
vs = c(
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1",
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "1", "1", "1",
"1", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "1", "1"
), am = c(
"0",
"0", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "1", "1", "1", "0",
"0", "0", "1", "1", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1"
), gear = c(
"3", "3", "3",
"3", "4", "3", "3", "5", "4", "4", "5", "4", "3", "3", "3",
"5", "5", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "3", "3", "3", "3",
"5", "4", "3", "3", "4"
), carb = c(
"2", "4", "4", "4", "1",
"2", "4", "6", "1", "1", "4", "2", "1", "2", "4", "2", "8",
"4", "4", "2", "2", "4", "4", "3", "3", "3", "2", "2", "1",
"1", "1", "2"
), color_available___red = c(
"1", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___green = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___blue = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), color_available___black = c(
"0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), motor_trend_cars_complete = c(
"1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___a = c(
"1",
"0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___b = c(
"1",
"0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), letter_group___c = c(
"0",
"0", "1", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
), choice = c(
"choice2",
"", "choice1", "choice1", "", "", "choice1", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "choice2", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", ""
), grouping_complete = c(
"2",
"0", "2", "2", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0"
)
), row.names = c(
1L, 5L,
6L, 9L, 11L, 12L, 13L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L,
42L, 43L, 44L, 45L
), class = "data.frame"), sale = structure(list(
row = c(
"AMC Javelin", "AMC Javelin", "AMC Javelin", "Camaro Z28",
"Camaro Z28", "Chrysler Imperial", "Duster 360", "Duster 360",
"Duster 360", "Duster 360", "Merc 230", "Merc 230", "Merc 230"
), redcap_repeat_instrument = c(
"sale", "sale", "sale", "sale",
"sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale", "sale",
"sale"
), redcap_repeat_instance = c(
"1", "2", "3", "1", "2",
"1", "1", "2", "3", "4", "1", "2", "3"
), price = c(
"12000.50",
"13750.77", "15004.57", "7800.00", "8000.00", "7500.00",
"8756.40", "6800.88", "8888.88", "970.00", "7800.98", "7954.00",
"6800.55"
), color = c(
"1", "3", "2", "2", "3", "1", "4",
"2", "1", "4", "2", "1", "3"
), customer = c(
"Bob", "Sue",
"Kim", "Janice", "Tim", "Jim", "Sarah", "Pablo", "Erica",
"Juan", "Ted", "Quentin", "Sharon"
), sale_complete = c(
"0",
"2", "0", "2", "0", "2", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "2"
)
), row.names = c(
2L, 3L, 4L, 7L, 8L, 10L, 14L, 15L, 16L,
17L, 31L, 32L, 33L
), class = "data.frame"))
)
Fixed bug introduced in previous commit, added test to check for bug Also started working on issue #10
2019-07-08 18:19:33 +02:00
})
Reference in New Issue Copy Permalink